农产品流通现代化是农业现代化的重要内容和目标，但近年来我国农产品流通不畅，流通成本高、效率低等问题制约了农产品流通现代化进程，而数字经济的兴起为缓解该局面提供了可能。基于长江经济带11个省份2010—2019年的面板数据，探讨数字经济对农产品流通现代化的影响及其作用机制，并运用基准模型、中介效应模型、面板门槛模型、空间滞后模型进行实证分析。研究表明：数字经济显著加速了农产品流通现代化进程，并且区域创新能力是其重要的中间机制，经稳健性检验后该结论仍成立；数字经济对农产品流通现代化的积极影响存在边际效应递增的非线性特征，数字经济与创新能力正在成为农产品流通现代化的双重驱动力；数字经济通过空间外溢效应作用于经济和地理邻近地区的农产品流通现代化进程；区域异质性分析结果表明，长江下游地区呈现空间集聚特征，上游和中游地区还未形成区域内协同发展的格局。因此，各省市应加大数字经济建设投资，打造数字经济和创新发展聚力，实施差异化发展战略，完善区域协同发展机制。