基于生物信息学对结肠癌潜在枢纽基因的筛选及验证

来源 :中国免疫学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:loveni978
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:利用生物信息学方法挖掘结肠癌的枢纽基因及潜在标志物.方法:利用GEO2R分析结肠癌相关芯片集GSE41258、GSE41328和GSE44861中的差异基因;DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析;STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape筛选枢纽基因;GEPIA在线软件验证枢纽基因的表达及预后价值.结果:共筛选出67个上调差异基因和75个下调差异基因.GO富集分析显示差异基因主要参与的细胞生物学过程包括细胞黏附、细胞外基质形成及胶原蛋白分解代谢过程;KEGG通路分析显示差异基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用及癌症通路;通过PPI分析筛选出的枢纽基因包括CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、CXCL12、MMP1、MMP3、MYC和SPP1.经验证,CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、MMP1、MMP3、MYC和SPP1在结肠腺癌组织中表达显著高于正常结肠组织,而CXCL12在癌组织中表达显著低于正常组织.生存分析显示,COL1A2过表达与结肠腺癌患者总生存率(OS)和无病生存率(DFS)呈负相关(P<0.05,P<0.01),COL1A1过表达与结肠腺癌DFS呈负相关(P<0.05).结论:通过生物信息学筛选出结肠癌10个潜在枢纽基因和2个预后相关基因,为结肠癌的分子机制研究及预后判断提供了新靶点.
其他文献
目的 了解深圳市罗湖区居民对家庭医生服务的需求和期望,分析与服务需求相关的因素,为制订家庭医生服务相关政策和措施提供参考.方法 于2019年5月通过“罗湖区人民医院”微信
目的 探讨双水平气道正压通气(BiPAP)与压力调节容量控制通气(PRVC)治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)的疗效及对血清炎症因子的影响,为AECOPD的治疗提供依据.方法 选
目的 对2012-2017 年北京市朝阳区户籍居民恶性肿瘤的死亡情况进行分析,为制定适合朝阳区居民的恶性肿瘤防控措施提供科学支持.方法 利用北京市卫生防病监测信息资源整合分析
在今年的春风春雨之中,郭锋老书记安详地走了,给我留下了沉思与怀念。那还是在我的老朋友儿童文学作家胡景芳出版《周恩来的少年时代》一书首发式上,老书记和我谈起我写的《
  目的:探讨认知治疗对农村留守儿童心理健康情况状况的影响.方法:对2010-2011年度河南省某重点帮扶村136名留守儿童随机分为两组,研究组进行一般健康辅导加认知心理治疗,对照
会议
目的 本研究旨在探讨陕西省慢性病行为危险因素的流行、分布及聚集性等特征,为陕西省慢性病的防控提供参考.方法 于2015年采用多阶段整群随机抽样的方法抽取陕西省10 个监测
呕心沥血王书田 2004年,在一次连续加班后,西安市临潼区人民检察院反贪局原局长王书田累得大吐血,陷入深度昏迷。醒来后的第一句话是“同志们赶紧研究案子,一定不能出现任何
“在这么好的地方,建了这么好的一个项目,为客户提供了这么好的服务,以及售价节节上升的良好市场形象,这四个好,就是双城国际成功的奥秘。我把自己对项目的感受用广告沟通出
为了因地、因时制宜,有效地控制特殊行业的蝇类孳生,降低成蝇密度,我们于1987~1988年对浏阳县肉联加工厂的蝇类进行丁综合防制实验。现报告如下: 一、蝇类调查: 1.孽生场所调
拆船业是近期发展起来、以解体各种废旧钢铁船只、综合利用废钢铁的新兴行业。我国由原来以解体国产小型船只,已经发展到能解体上万吨轻吨位的国内外各种类型的船体,规模由