【摘 要】
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目的了解广东省江门市1型艾滋病病毒（HIV-1）基因亚型分布状况及其主要流行株CRF01AE的传播和基因变异特征。方法收集江门市2018-2019年新确证为HIV-1感染且未经抗病毒治疗的208例样本,采用巢式荧光定量聚合酶链反应法（PCR）扩增gag基因序列并测序,应用Genotyping Tool进行基因分型、PhyML3.0软件构建系统进化树,利用Entropy和VESPA程序对CRF01A
【机 构】
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南方医科大学公共卫生学院流行病学系
【基金项目】
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广东省科技计划项目（2014B020212007）～～；
论文部分内容阅读
目的了解广东省江门市1型艾滋病病毒（HIV-1）基因亚型分布状况及其主要流行株CRF01AE的传播和基因变异特征。方法收集江门市2018-2019年新确证为HIV-1感染且未经抗病毒治疗的208例样本,采用巢式荧光定量聚合酶链反应法（PCR）扩增gag基因序列并测序,应用Genotyping Tool进行基因分型、PhyML3.0软件构建系统进化树,利用Entropy和VESPA程序对CRF01AE毒株亚簇进行氨基酸序列特征分析。结果成功测得gag序列173条,异性性传播占72.83%（126条）,同性性传播占17.92%（31条）;亚型分析结果显示,CRF01AE 69例（39.88%）,CRF07BC 57例（32.95%）,19例（10.98%）CRF5501B,12例（6.94%）B亚型,其他亚型包括CRF08BC、CRF5901B、C亚型和URFs共16例（9.25%）。CRF01AE在系统进化树上形成4个传播簇,其中2个主要传播簇共有11个氨基酸位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,且传播簇I的氨基酸多态性大于传播簇Ⅱ。结论江门市HIV-1亚型分布复杂多样,以异性性传播为主,存在多种传播簇。CRF01AE亚型为江门地区的优势流行株,其亚簇的氨基酸存在变异。
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