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生物絮团（Bio-Floc）是养殖水体中以异养微生物为主，经生物絮凝作用结合水体中有机质、原生动物、藻类、丝状菌等形成的絮状物。它以菌胶团、丝状菌为核心，由附聚的异养菌、硝化菌、脱氮细菌、藻类、真菌等生物共同构成，在水产养殖中水质净化及养殖动物饵料中发挥重要作用，成为国际水产养殖学研究热点。本论文利用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术研究了生物絮团主要组分细菌群落，并进一步分析草鱼、鳙摄食生物絮团后肠道细菌菌群的变化。本文主要结果如下：1、生物絮团不同形成阶段的微生物群落结构分析采用PCR-DGGE技术分析生物絮团形成第5、10和15天（d）的微生物群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明：第5d和10d的相似性最高，达67.4%；第5d和第15d相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高，15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱中特征条带进行了回收、克隆测序，结果表明生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲：α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）、放线菌纲（Actinobacteria）、芽孢杆菌纲（Bacilli）、拟杆菌纲（Bacteroidetes）。进一步对生物絮团DGGE指纹图谱分子鉴定和半定量分析发现，变形菌纲在数量上占主导地位，放线菌纲次之，芽孢杆菌纲和拟杆菌纲数量很少。其中α-变形菌属是整个生物絮团形成过程中特优势种类；5d时特异性条带测序结果显示包括食酸菌属（Acidovorax）、气单胞菌属(Aeromonas)、土壤杆菌属(Agrobacterium)；10d和15d时特异条带显示分别为芽孢杆菌属（Bacillus）与红球菌属(Rhodococcus)。本实验首次对水产养殖系统中生物絮团的微生物组成和多样性进行了分析，为生物絮团在水质调节及饵料替代的应用提供科学依据。2、生物絮团对草鱼肠道菌群影响试验草鱼（10.37±0.59g）投放到实验室有机玻璃养殖箱中。第一组添加以淀粉为碳源培养的生物絮团（TSS维持在100mg/l），每天按常规饲料添加量（体重的3%）的80%投喂基础饲料；第二组添加以葡萄糖为碳源培养的生物絮团（TSS维持在100mg/l），每天按常规饲料添加量（体重的3%）的80%投喂基础饲料；第三组为对照组，每天按体重的3%投喂基础饲料。养殖8周后，应用PCR-DGGE技术分析这三组草鱼肠道微生物菌群分布。DGGE指纹图谱分析显示：与对照组相比，生物絮团组草鱼肠道菌群多样性提高，淀粉生物絮团组与葡糖生物絮团组草鱼肠道细菌相似性约为50%，而普通饲料组草鱼肠道细菌与生物絮团组草鱼肠道细菌相似性仅在20%-40%之间，说明生物絮团的应用对草鱼肠道菌群结构及多样性有较大改变，而碳源的类型对肠道微生物菌群结构的影响较小。对16个特征条带的测序结果分析显示：这些特征条带归属于变形菌门（Proteobacteria）的α、γ亚群、绿弯菌纲（Chloroflexi）和不可培养细菌（unculturedbacterium）。特异条带分析发现，生物絮团组草鱼肠道特异菌群为两类纤维素酶产生菌Enterobacter及Aeromonas，进一步与不同培养阶段时生物絮团的细菌群落结构的比较分析，发现生物絮团组草鱼肠道存在着慢生根瘤菌科、红杆菌属的细菌等共有细菌，结果可见生物絮团影响了草鱼肠道菌群的变化。3、生物絮团对鳙肠道菌群影响2010年7-10月在广东省中山食品水产进出口集团有限公司养殖基地进行，将鳙（15.1±0.8g）分别养殖于生物絮团组（TSS维持在100mg/l）、施肥组（添加尿素7g（N46%）和过磷酸钙3g（P2O516%），维持养殖水体浮游动物量8-10ind/l）和池塘网箱养殖组（网箱（3m×3m）悬挂于草鱼养殖池塘上层水（1m），维持网箱水体浮游动物量为3-5ind/l）。8周后，应用PCR-DGGE技术分析这三种养殖模式鳙肠道微生物菌群分布。DGGE指纹图谱分析显示：生物絮团组鳙肠道菌群多样性最高，网箱养殖组鳙肠道菌群多样性最低。对10个特征性条带克隆测序结果显示：葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、绿弯菌属（Chloroflexi）及某未知菌属为生物絮团组鳙肠道特异性条带所代表的细菌，施肥组和池塘网箱养殖组鳙肠道特异条带代表的细菌包括气单胞菌属（Aeromonas）、梭菌属（Clostridium）及某未知菌属。生物絮团的应用降低了鳙肠道Aeromonas分布量，从而降低了鳙因这类细菌大量存在而致病的风险。总之，生物絮团整个培养过程中，变形菌在数量上占主导地位，放线菌次之，芽孢杆菌和拟杆菌数量很少，其中α-变形菌属是整个形成过程中特优势种类。生物絮团增强了养殖草鱼及鳙肠道微生物菌群组成多样性，使草鱼肠道纤维素酶产生菌分布量增加，同时降低了气单胞菌在鳙肠道的分布，可能会降低鳙因这类细菌大量存在而致病的风险。