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H9N2亚型禽流感自1994年首次在我国广东地区发生以来，H9N2亚型禽流感广泛流行于我国鸡群中。随着禽流感病毒抗原漂移和抗原突变的日积月累，使得禽类与人类之间的种属屏障正在减弱或消失，对人类的公共卫生安全存在巨大威胁。持续了解流感病毒的遗传变异、不断地评价病毒的抗原转变，对于及时捕捉到可引起人类流感大流行的毒株，并研制有效疫苗具有非常重要的意义。 为了解和监测近年来H9N2亚型禽流感病毒的分子演化情况，选取2011-2012年所分离的14株H9N2亚型禽流感病毒，进行全基因组的序列测定，应用生物软件分析基因序列和变异情况，揭示H9N2亚型禽流感病毒的流行规律。本研究结果表明，2011-2012年江浙部分地区分离的14株H9N2亚型禽流感病毒均具有低致病性禽流感病毒的分子特征。HA基因属于Y280-like亚分支，糖基化位点的缺失可能会引起病毒毒力的变化，大多数分离株的234位受体结合位点为L，呈现出与人流感受体结合的特性，表明近些年的H9N2亚型禽流感病毒已具备使哺乳动物致病的能力。NA基因属于Y280-like亚分支，分离株全部存在颈部缺失的现象。PA、PB1、NP基因全部属于SH/F/98-like亚分支，与经典毒株相比，多处位点氨基酸发生了变异。 M基因属于G1-like亚分支，均不具有对金刚烷胺类药物的抗药性。NS基因则分属于两个亚分支SH/F98-like和Y439-like，均具有能够逃避干扰素IFN和肿瘤坏死因子TNF-α的抗病毒性，氨基酸也存在变异现象，两个亚群的个别位点氨基酸出现明显的差异。PB2基因则完全独立形成一个新的亚分支。14株H9N2毒株的所有内部基因的位点氨基酸变异现象与H7N9毒株相一致。 对近几年的H9N2亚型禽流感病毒监测表明，病毒的抗原性发生了比较显著的变化，有的是在疫苗的免疫压力下出现了免疫逃避现象，导致免疫失败的发生。本研究对14株H9N2亚型禽流感病毒的交叉免疫保护作用分析，结果表明，JS1102、ZJ1107、JS1109、JS1204的抗原性比较接近，HI抗体效价平均为8 log2，4株病毒之间的交互HI值差异在3 log2左右，抗原相关值位于0.8～1之间;未免疫而攻毒的对照组5d时排毒的比例分别为5/5、5/5、4/5、4/5，免疫组在攻毒后5d时拭子样品病毒分离均为阴性，毒株之间具有较好的免疫原性，彼此能够产生很好的免疫保护效果。