全球化进程在创造自由贸易的同时，也带来了发达国家侵占发展中国家传统知识及生物资源的威胁。于是，国际社会开始关注传统知识保护问题，讨论将其融入到现有知识产权框架中的可能性，也在努力寻求其他形式的有效保护。我国在这方面的工作还刚刚起步，有待开展系统性的研究和制度建设。 本文以传统知识的属性和独特保护需求为出发点，研究了传统知识保护制度的理论基础、构建思路和实现方式，探讨了制度建设所涉及的利益关联机制与社会经济影响，并选择秘鲁案例和中国国内的中药保护制度进行了实证分析，最终在前文论述的基础上提出了在我国建设传统知识保护制度的框架性建议。 本文的主要研究结论包括：(1)阐明了传统知识与知识产权之间的关系：由于知识产权可以通过赋予创新者独占权而保护其利益、促进知识生产，传统知识在一定程度上可以运用知识产权进行保护；但是，由于两者经济学属性的差异，加上传统知识主体与知识产权的核心冲突，知识产权制度对传统知识的保护面临困境。 (2)各种源自现行知识产权制度、其扩展与调整或其他保护机制的具体保护形式都有一定的适用性，但也存在明显的缺陷；专门为传统知识而设计的特别法可以从问题的本质出发，为实现特定的保护目的，灵活地运用多种机制，提供一个系统解决方案。 (3)提出了保护制度的经济效率分析框架：围绕传统知识的博弈，利益方关联复杂，又存在严重的不对称，保护制度的意义在于为博弈提供约束或规则；不同保护机制的运用，会产生不同的社会成本和收益，在建设规范的法规体系时，应当通过调节制度要素，体现社会效益最大化原则。 (4)我国现有的传统知识保护制度存在系统性不足、政策目标单一等问题，在传统知识保护的战略意义日益凸现的情况下，有必要从我国的立场和保护客体属性出发，规范化重建系统的保护制度。