企业孵化器作为一种培育中小型创业企业的政策工具已被世界许多国家和地区广泛采用。如何加强企业孵化器的知识创新与扩散,促进企业孵化器和孵化企业的共同进步得到越来越多的关注。本文对企业孵化器、知识创新、知识扩散的相关理论和研究进行了文献综述,分别从个体角度和组织角度出发,对企业孵化器内个体间和组织间知识的创新与扩散过程进行研究。在分析企业孵化器内的个体特征和个体间关系的基础上,构建了企业孵化器的个体小世界网络模型,探讨知识节点和网络特征与个体间知识创新与扩散的关系,并利用Matlab进行仿真实验。基于对企业孵化器与孵化企业关系的分析,从知识互动主体、知识本身和环境三个方面探讨企业孵化器与孵化企业之间知识创新与扩散的影响因素,构建了企业孵化器与孵化企业间知识创新与扩散的系统动力学模型；基于对孵化企业集群效应的分析,探讨了孵化企业间知识创新与扩散的动机,建立了孵化企业之间知识创新与扩散的系统动力学模型。利用Vensim软件分别对企业孵化器与孵化企业及孵化企业与孵化企业之间的知识创新与扩散进行仿真实验。最后,基于仿真实验的结果归纳研究结论,给出了促进企业孵化器内知识创新与扩散的对策建议。