不同生境的可培养细菌及四个潜在新分类单元的多相分类研究

来源 :武汉大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:SLANGELA
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我国幅员辽阔,各地区之间的生境存在着较大的差异,不同的生境中存在着各异的微生物种类。本研究对长白山与新疆地区两个不同生境中的微生物种群进行研究。长白山地区森林覆盖面积大,水资源丰富,土壤肥沃。新疆戈壁地区具有日照时间长、地表辐射高、干旱等特点。它们相对独特的地理环境,也决定其生态环境和微生物群落的不同。本研究从长白山地区样品中分离鉴定细菌55株,从新疆戈壁地区土样中得到菌株155株。长白山分离菌株多与植物有相关性,而新疆地区分离菌株具有强的抵抗高辐射、干旱以及寡营养环境的能力,这两个地区的分离菌株正表现出两个地区的环境特征。此外,本研究将分离自新疆地区获取的菌株311-10T、HY-50RT、HY-49MT和西藏地区的菌株XM415T进行多相分类学分析。菌株311-10T分离于新疆戈壁地区沙土样品,为革兰氏阴性菌,菌落表面颜色呈粉红色,好氧,细胞为杆状;全细胞脂肪酸含量主要为iso-C15:0, iso-C17:0 3-OH, summed feature 3 (containing C16:1ω7c和/或C16:1ω6c) and summed feature 4 (comprising anteiso-C17:1 B和/或iso-C17:1 I);主要醌型为MK-7;染色体G+C mol%为47.8%。根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树可知菌株311-10T聚类于拟杆菌门,并与Pontibacter和[Effluviibacter]两个属聚类于同一簇。该菌株与当时已合格发表Pontibacter属细菌物种的16S rRNA基因序列相似为93.9-95.6%,同时其与[E.] roseus SRC-1T的16S rRNA基因序列相似为94.7%。[E.] roseus SRC-1T染色体G+C为52.0-52.3 mol%。通过多相分类学的研究表明菌株SRC-1T也是Pontibacter属的一员,因此将其划归为Pontibacter roseus。通过表型特征、生理生化特性以及系统发育树的分析,菌株311-10T均表现出Pontibacter属的特点,为该属的一个新种,根据其分离地点将该菌株命名为Pontibacter xinjiangensis,模式菌株为311-10T(=CCTCC AB 207200T=NRRL B-51335T)。菌株HY-50RT、HY-49MT均从新疆胡杨林土壤样品中分离获得,且均属于严格好氧的革兰氏阴性菌。菌株HY-50RT菌落为圆形,表面光滑、呈黄色,好氧,可在NA. R2A和TSA等培养基上生长,但不能在MacConkey培养基上生长,细胞形态呈现为杆状;主要含有的多胺类型是高精脒;主要醌型为MK-7;染色体G+C mol%为46.8%。根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树,将菌株HY-50RT聚类于拟杆菌门,Chitinophagaceae科。该菌株与目前已有细菌同源性较低,最高者也仅为93.6%。菌株HY-50RT的全细胞脂肪酸组分中iso-C13:0, iso-C15:0 3-OH和C18:o与Chitinophagaceae科的其他菌株的差异性将其与其他属区别开来,同时不管是从形态与生理生化,还是分子分类以及系统发育等信息,菌株HY-50RT均表现出Chitinophagaceae科的特性,成为该科的一个新属。根据其分离地点以及菌株颜色将该菌株命名为Flavitalea populi gen. nov., sp. nov.,模式种为HY-50RT(=CCTCC AB 208255T=NRRL B-59222T)。菌株HY-49MT,细胞形态呈现为杆状,单根端生鞭毛。可在MA和R2A培养基上生长,不能在TSA、NA、MacConkey等培养基中生长。在0.3×MA培养基上菌落光滑、不透明、凸起、呈圆形,表面呈白色。主要醌型为Q-10,并含有少量Q-9;基因组GC含量为60.4 mol%;主要脂肪酸组分(>5%)有:C16:0, C18:0,11-methyl C18:1ω7c, C19:0ω8c cyclo, summed feature 8(C18:1ω7c或C18: 1ω6c.)。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树将菌株HY-49MT聚类于Pelagibacterium属分支。然而,菌株HY-49MT与Pelagibacterium属的两个模式菌株在脂肪酸组分上存在着较大差异,且生理生化特性也表现出差异。因此,菌株HY-49MT应为Pelagibacterium属的一个新种。根据研究单位武汉大学的所在地——珞珈山,命名为Pelagibacterium luojiensis,模式菌株为HY-49MT(=CCTCC AB 208257T)。菌株XM415T,革兰氏阴性菌,细胞呈杆状,无鞭毛、可滑动,好氧;主要醌型为Q-8;全细胞脂肪酸组分中含有带支链的脂肪酸组分:iso-C16:0, iso-C15:0, iso-C17:1ω9c, iso-C14:0 and iso-C11:0 3OH;基因组GC含量为63.5 mol%。根据系统发育树可知,菌株XM415T处于溶杆菌属类群中。该菌株与溶杆菌属模式种的16S rRNA基因序列相似度均小于97%。显然,菌株XM415T应划归为该属的一个新种,命名为Lysobacter ximoensis,模式菌株为XM415T,其保藏编号为CCTCC AB 207091T (=NRRL B-51263T)。
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