发展战略性新兴企业已经成为世界各国政府部门提升区域创新能力、实现经济跨越发展的核心与关键。税收政策作为政府部门支持企业创新的重要工具之一，日益引起政府部门的高度重视。由于战略性新兴产业发展刚刚起步，需要税收政策给予有效引导与支持，但是税收政策制定部门很难在短时间内掌握战略性新兴企业税收需求，导致战略性新兴企业需求与税收政策无法实现有效匹配。因此，亟需在掌握税收政策促进战略性新兴企业自主创新作用机理基础上，评价现行税收政策有效性，确定税收优化重点，以有效实现税收政策对战略性新兴企业创新与发展的促进作用。本文在分析企业自主创新、科技税收政策以及自主创新与税收政策相关性研究成果基础上，分析战略性新兴企业自主创新的内涵和特征，揭示战略性新兴产业自主创新的关键要素、企业自主创新过程与规律以及自主创新税收政策内涵与构成；在此基础上，从税收政策对自主创新的促进作用、税收政策促进战略性新兴企业自主创新的动力与阻力以及税收优惠政策促进战略性新兴企业自主创新的动态过程视角揭示了税收政策对自主创新的影响；运用耗散结构理论，分析战略性新兴企业自主创新系统的耗散结构特征，揭示税收政策促进战略性新兴企业自主创新的机理。从税收政策促进战略性新兴企业自主创新的总体思想、核心内容与管理模型角度设计税收政策促进战略性新兴企业自主创新的理论框架。从税种分布结构、税收政策优惠方式、优惠环节、优惠对象等方面，分析促进我国企业自主创新的现行税收政策，总结与分析促进战略性新兴企业自主创新的相关税收政策；从政策布局、政策工具、政策柔性、政策实施四方面设计促进战略性新兴企业自主创新的税收政策有效性评价指标体系，运用模糊Borda数方法和规则方法相结合设计了政策有效性评价方法，进而对我国现行税收政策有效性进行实证评价，为构建促进我国战略性新兴企业自主创新的税收政策体系优化提供了客观依据和决策借鉴。根据评价结果，从税收政策体系、政府、企业视角，提出促进战略性新兴企业自主创新现行税收政策存在的主要问题。提出促进战略性新兴企业自主创新的税收政策优化原则与思路；基于大样本问卷调查和多元回归分析，确定促进战略性新兴企业自主创新的税收优化重点；面向战略性新兴企业自主创新过程，构建多税种总体优化框架，接着围绕税基、税率和优惠方式等，分别对企业所得税、个人所得税等所得税和增值税和关税等流转税进行优化；设计战略性新兴技术企业、产品和人才三个主要税收优惠客体认定指标及量化规则与评价标准，并运用模糊评价和神经网络原理构建综合评价和智能化评价方法。从协同管理机制、服务平台支撑机制、监督管理机制、对象选择机制和对象风险预警机制五个方面构建了促进战略性新兴企业自主创新的税收政策实施机制。从组织协同和政策工具协同两个方面设计了协同管理机制实施策略。从税收信息化管理、税收职能人员培训、税收政策宣传三个方面设计了服务平台支撑机制实施策略。从内部监管和外部监管两个方面设计了监管机制实施策略。从选择标准和选择程序两个方面设计了对象选择机制。从风险预警流程和风险预警评估体系两个方面设计了税收对象风险预警机制。本文对税收政策促进战略性新兴企业自主创新机理、有效性评价以及税收优化策略与实施机制的研究，可为我国各区域税收政策管理部门制定有效税收政策、促进战略性新兴企业自主创新提供有效的决策依据与方法支持。