我国是一个以农业为本的国家，农业的快速健康发展关系到国民经济的稳定增长、社会的和谐稳定以及生态环境的良性循环，是我国经济发展的重要命脉。作为农业产业化的龙头，农业上市公司肩负着实现农业产业化经营、增加农民收入和解决“三农”问题的历史重任。农业上市公司是现阶段我国农业先进生产力的组织代表，也是我国上市公司中的一个特殊群体，其诞生和发展对于推进我国农业产业结构调整，提高农产品质量和农业经营效益，提升我国农业的国际竞争力，加快实现农业现代化，都具有非常重要的现实意义。然而近几年来，随着证券市场的快速发展，农业上市公司也逐渐暴露出一些问题，不仅在数量上与农业关系国计民生的重要地位极不相称，而且整体质量上也并不乐观，使得农业板块成为我国证券市场中一个备受质疑的板块。随着“科学发展观”的逐步贯彻落实，国家对“三农”政策的陆续出台、农产品质量问题的不断曝光以及人们生态环境意识的逐步提高，要求农业上市公司重新审视其在社会经济发展中应承担的责任。其在追求经济利益为目标的同时，还应该追求社会利益和生态利益的和谐发展。随着人们社会和生态意识的逐步提高，对上市公司绩效的评价也逐步从传统的经济评价模式向包含社会和生态效益在内的评价模式转变。本研究在系统阐述“三重绩效”相关理论的基础之上，以2009-2011年我国沪深两市34家农业上市公司为研究样本，依据指标体系构建的一般原则，从经济、社会、生态三个方面构建了基于“三重绩效”理论的农业上市公司绩效评价指标体系，突破了以往传统的绩效评价模式，将社会绩效和生态绩效纳入绩效评价的指标体系中，并运用灰色关联分析法对农业上市公司的经济绩效、社会绩效和生态绩效的相应指标评价因素进行数据分析，从中挖掘出影响农业上市公司整体绩效的关键指标影响因素，有利于把握其发展的过程和趋势，以便科学、合理地引导农业上市公司的健康发展。并根据分析结论提出相应的对策建议，不仅为政府和农业上市公司经营管理者实施管理提供一定的理论依据，同时也可促进农业上市公司在自身发展过程中寻找差距、挖掘市场潜力，进而推动整个农业经济的快速发展。