影响新城疫病毒复制的circRNA的筛选与鉴定

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新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起的禽类的一种急性、热性、败血性和高度接触性传染病。NDV属于副黏病毒科(Paramyxoviridae),禽腮腺炎病毒属(Avulavirus)的禽副黏病毒Ⅰ型(APMV-Ⅰ),可对多种禽类造成致死性感染。非编码RNA常被认为是基因组“暗物质”,常见的非编码RNA有lnc RNA、circ RNA和micro RNA等,其中circ RNA是一类首尾以共价键形式相连的闭合环状非编码RNA,研究表明其在肿瘤、癌症等疾病中发挥着重要功能,但是在病毒感染方面的研究尚不深入,且关于NDV与circ RNA之间的研究仍无相关报道。为探讨circ RNA与NDV之间的相互作用关系,本研究基于前期NDV强毒株Herts/33感染CEF细胞的全转录组测序数据,通过生物信息学分析获得circ RNA的相关数据,共预测到22个在NDV感染后发生差异表达的circ RNA,其中21个表达下调,1个表达上调;选择其中|log2Foldchange|>1.5的18个circ RNA进行成环性验证,通过针对待验证circ RNA的反向剪切位区域设计发散引物并利用RT-PCR初步筛选到两条正确成环的circ RNA:gga_circ_0000857、gga_circ_0004276。结果表明NDV感染后gga_circ_0000857及gga_circ_0004276均显著上调,其中gga_circ_0000857符合生物信息学预测的变化趋势,随后便检测gga_circ_0000857对NDV复制的影响,结果表明在特异性的敲低和过表达gga_circ_0000857后均能抑制NDV的复制。在确定gga_circ_0000857对NDV复制的影响后,随后对其进行相关的分子生物学分析,结果发现gga_circ_0000857是由NISCH的第14、15和17号外显子组成,共341 nt,主要定位在DF-1细胞的细胞质中并广泛分布于鸡源各组织器官中,不具有潜在编码功能,与gga-mi R-143-3p存在潜在结合位点。此外还发现NDV感染DF-1细胞引起的gga_circ_0000857上调具有时间依赖性而不具有剂量依赖性,并且在NDV感染DT40细胞以及NDV弱毒La Sota感染DF-1细胞后也会引起gga_circ_0000857的上调。综上所述,本研究通过生物信息学分析前期NDV强毒株Herts/33感染CEF细胞的全转录组测序数据得到circ RNA的相关数据,在其中筛选到2条正确成环的circ RNA,其中gga_circ_0000857在敲低和过表达后均会抑制NDV的复制,随后对gga_circ_0000857的表达特点以及分子特征等进行了分析,为后续关于circ RNA与NDV之间相互作用机制的进一步研究提供了一定的理论依据和数据来源。
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