基于第二代测序筛选非梗阻性无精症患者血清LncRNA的差异表达谱

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[目的]本研究通过使用新一代测序寻找非梗阻性无精症患者(NOA)的差异LncRNAs表达谱,从中找出差异显著的LncRNA,研究差异表达的LncRNA对NOA发生发展的影响,找出与NOA发病相关的LncRNA的靶基因,为NOA早期诊断和治疗提供理论和实验支持。[方法](1)收集NOA和供精者正常男性血清标本以及精液标本,完善其资料,初步建立资料完整的血液样本库和精液标本库;(2)提取其中的RNA,检测总RNA纯度,运用新一代测序技术分析获得NOA血清的LncRNA差异表达谱,初步筛选差异表达的血清LncRNA;(3)使用实时荧光定量PCR(RT-PCR)对初筛差异LncRNA进行验证,分析结果的稳定性和可重复性;(4)生物信息学软件对差异表达谱进行分析,对差异表达的LncRNA的靶基因进行分析,获得与NOA发生发展相关的的信号通路;(5)在血清样本中通过RT-PCR检测Lnc-CDC27-2、Lnc-BCL6-9的相对表达量。[结果]1.共有593个LncRNAs在NOA和健康人中表达差异具有统计学意义(P值<0.05,且log2(fold change)的绝对值>1),包括321个表达上调的LncRNAs和272个表达下调的LncRNAs。2.生物信息学软件分析593个lncRNA调控的基因有628个(有些基因可被多个lncRNA调控),将这些基因输入到DAVID数据库,进行分析,结果发现其中554个基因属于人类。GO分析,其中涉及的生物学过程(BP)有10个;细胞定位分析(CC)发现大部分基因(150/554)定位于细胞核和胞质(146/554);分子功能分析(MF)发现其中涉及基因最多的分子功能是:蛋白结合(247/554)。其中BIOCARTA软件分析获得4个关键信号通路,分别是:阿尔茨海默病中CDK5的调控异常;Ca+/钙调蛋白依赖性蛋白激酶激活;生物活性肽诱导的信号通路;钙调神经磷酸酶对角质形成细胞分化的影响。KEGG软件分析获得16个关键信号通路,分别是:阿尔茨海默病;Axon制导肾素分泌;Hedgehog信号通路;帕金森病;粘合连接;昼夜节律周期;cAMP信号通路;催产素信号通路;酗酒;朊粒病;病毒致癌;结节样受体信号通路;血小板活化;氧化磷酸化。3.实时荧光定量PCR对差异表达谱的验证结果:实验选取上调最明显的Lnc-BCL6-9和下调最明显的Lnc-CDC27-2,并检测它们在NOA和健康人的血液样本中的表达情况,结果证实Lnc-CDC27-2、Lnc-BCL6-9上调和下调的趋势与测序结果一致。[结论]1.获得了NOA和健康人差异表达的LncRNAs。2.Lnc-CDC27-2、Lnc-BCL6-9可作为NOA的潜在标志物。
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