菠萝（Ananas comosus（L.）Merr）为凤梨科凤梨属的多年生单子叶草本植物,是我国具地方特色和产业优势的南方热带水果之一。菠萝水心病是一种影响果实品质和贮藏性能的生理性病害,近年来在菠萝主产区大面积发生,降低了产业效益、影响了菠萝产业的可持续发展。目前,菠萝水心病的发病机理尚不清楚。因此,本研究以‘巴厘’正常果（CK）、轻度水心病果（LS）以及中度水心病果（MS）为试验材料,通过转录组测序和相关转录因子的克隆与功能鉴定,初步分析了菠萝水心病发生的分子机理。主要研究结果如下:1.对不同发病程度的水心病菠萝转录组进行研究,共鉴定得到差异表达基因1860个。其中LS/CK差异表达基因460个,MS/CK差异表达基因1063个,LS/MS差异表达基因337个。对样品中差异表达的基因进行GO功能上的分析,发现LS/CK、MS/CK和LS/MS中的差异表达基因均在细胞组分（cellular component）中的膜的整体组成（integral component of membrane）条目中富集的最多。通过KEGG通路的富集分析共得到富集通路有8个,其中苯丙素生物合成（phenylpropanoid biosynthesis）、淀粉和蔗糖代谢（starch and sucrose metabolism）、植物激素信号传导（plant hormone signal transduction）通路在CK分别与LS、MS集的差异表达基因较多。经过筛选,获得水心病相关差异表达转录因子64个,其中,MYB转录因子12个。2.对转录组测序得到的菠萝AcMYB68和AcMYB109两个基因进行克隆,获得了基因的c DNA序列。AcMYB68全长1005 bp,编码334个氨基酸;AcMYB109全长1100 bp,编码369个氨基酸。通过q RT-PCR技术对其时空表达进行分析,根据得到的结果发现,AcMYB68和AcMYB109在不同组织中的表达量存在差异,AcMYB68在谢花后30 d表达量最高,而AcMYB109在谢花后90 d表达量最高。通过亚细胞定位分析发现,AcMYB68和AcMYB109蛋白均定位在细胞核,属于核定位蛋白。通过非生物胁迫分析表明,AcMYB68在盐、干旱、SA和高温胁迫下上调表达,而在ABA和低温胁迫下调表达;AcMYB109在盐胁迫下上调表达,在低温胁迫下下调表达。通过转录自激活活性分析表明,AcMYB68和AcMYB109没有自激活活性,为深入研究其功能奠定了良好的基础。