糖尿病肾病患者肠道微生态特征分析及潜在生物标记物的研究

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lilunallen
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目的:1)基于宏基因组测序技术及生物信息学理论分析糖尿病肾病患者(DN,diabetic nephropathy)肠道菌群的分布特征;2)寻找能够早期预测DN的新型生物标记物;3)探讨该标记物与DN之间可能的病理生理机制。方法:1)收集20例DN患者和20例健康人(Control)的粪便标本,统计各组人群的血生化及尿液分析等各项临床指标数据;2)提取各组的粪便DNA,选择合适的建库方案建库,基于IlluminaNavo6000高通量测序平台进行宏基因组测序;3)对于下机数据,基于Linux平台,采用bcl2fastq拆分数据、Fast QC对原始数据进行质控、Kneaddata去宿主、HUMAn N3进行微生物分类单元、基因家族、通路注释、Metaphlan2计算物种的丰度、多样性指数,运用R进行标准化以及合并得出多样性、物种、功能丰度表达谱,描述糖尿病肾病患者肠道菌群及其功能的分布特征;4)基于表达谱通过Lefse、STAMP寻找组间差异菌群,利用R的Randomforest包构建随机森林模型寻找关键菌群;5)通过Wilcox检验方法寻找两组间功能差异;6)运用R以差异模块为标准对菌群进行聚类,寻找对应模块的核心菌群;7)利用Spar CC,一种适合测序数据特征的新颖方法,通过它根据成分数据估算相关值推断物种与尿微量白蛋白/尿肌酐比值(Urine Albumin-to-Creatinine Ratio,UACR)间的相关性,以及构建相互作用网络。结果:1)DN组患者肠道菌群的组成和多样性发生了明显的改变。DN组肠道菌群的多样性指数为0.37±0.13,Control组的多样性指数为0.25±0.15,DN组的Alpha多样性明显高于Control组,且具有统计学意义;PCo A结合PERMANOVA计算Beta多样性指数,两组间差异明显,P=0.004,有统计学意义。2)属水平,DN组拟杆菌属(Bacteroides)、副细菌属(Parabacteria)及克雷伯菌属(Klebsiella)所占的比例较高,Control组的拟杆菌属(Bacteroides)、普氏菌属(Prevotella)及毛螺菌属(Lachnospira)所占的比例较高。与Control组相比,DN组中柠檬酸杆菌(Citrobacter),大肠埃希(Escherichia)、亨得特拉菌(Hungatella)、丹毒丝菌(Erysipelatoclostridium)、克雷伯菌属(Klebsiella)、阿克曼菌属(Akkermansia)及梭状芽胞杆菌(Lachnoclostridium),相对丰度较高,且具有统计学意义,普氏(Prevotella)、罗斯氏菌(Rothia)的相对丰度明显减少,且具有统计学意义。在种水平,普通拟杆菌(B.vulgatus)、单形拟杆菌(B.uniformis)、粪便拟杆菌(B.stercoris)为Control组的优势菌种,肺炎克雷伯杆菌(K.pneumoniae)为DN的优势菌种。其中,大肠埃希菌(E.coli),无害芽胞梭菌(C.innocuum)、拉莫斯丹毒(E.ramosum),粘液阿克曼(A.muciniphila)、梭状梭菌(C.clostridioforme)、屎肠球菌(E.faecium)、梭状芽胞杆菌(B.intestinalis)、链霉菌(Lachnospiraceae_spp),肺炎克莱伯杆菌(K.pneumoniae),在DN组肠道菌群中丰度显著增高(P<0.05),且具有统计学意义;人体普雷沃菌(P.copri)、玫瑰蔷薇(R.faecis)、裂果胶毛螺菌(L.pectinoschiza)、罗氏弧菌(R.intestinalis)、真杆菌(Eubacterium_spp)在DN组中明显减少,且具有统计学意义。DN组和Control组肠道菌群在组成和丰度上的存在显著差异,DN组中致病菌相对丰度明显升高,益生菌相对丰度明显降低。3)经过KEGG通路富集分析,得到了DN组中有明显差异的代谢通路:氨基酸代谢通路(主要是酪氨酸代谢)、脂肪酸代谢通路(主要是短链脂肪酸代谢)等表现出明显差异,其中,酪氨酸代谢通路明显上调,短链脂肪酸代谢通路明显下调,且具有统计学意义。4)DN组酪氨酸代谢通路中核心菌群Citrobacter与DN患者的严重程度呈显著正相关,短链脂肪酸代谢模块关键菌群Faecalibacterium与DN的患者严重程度呈显著负相关,且具有统计学意义。结论:DN患者存在肠道菌群失调。机会致病菌柠檬酸杆菌(Citrobacter)显著增加,而益生菌柔嫩羧酸杆菌(Faecalibacterium)显著减少。紊乱的肠道菌群Citrobacter在酪氨酸代谢合成过量的苯基硫酸盐(PS,Phenyl Sulfate),而Faecalibacterium在脂肪酸代谢种合成的短链脂肪酸(SCFAs,Short-chain fatty acids)减少,加快PS的肠渗漏,进而损伤伤足细胞,加速肾小球基底膜(GBM,Glomerular Basement Membrane)增厚,诱导蛋白尿,并引起血管周围纤维化引起的炎症,从而促进DN早期肾损伤。
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