祁连山是我国西部重要的生态安全屏障,其流域生态系统对祁连山地区水源涵养、气候调节、农牧业发展、生物多样性保育等方面发挥着重要作用,而随着当前气候变化加剧和人类活动影响,祁连山流域水生态系统健康受到不同程度的威胁和干扰。浮游生物作为水生态系统的重要组成部分对水环境变化敏感,且对水环境质量具有重要指示作用。然而,目前对祁连山六大流域浮游生物群落结构特征研究相对匮乏且其潜在影响机制知之甚少。因此,本研究于2019年对祁连山六大流域133个样点进行了调查采样,并通过野外监测、室内鉴定等多种技术手段,较为全面地分析了六大流域浮游生物种类组成、空间分布和生物多样性特征,然后利用相关性分析、冗余分析、结构方程模型等多种统计方法揭示了六大流域浮游生物群落结构的影响因素,进而探讨了浮游生物群落结构特征的影响机制。主要研究结果如下:（1）祁连山六大流域共鉴定出浮游生物817种,包括浮游植物382种,隶属于8门11纲29目56科142属,硅藻为第一优势类群,绿藻和蓝藻次之,奇异菱形藻（Nitzschia paradoxa）为浮游植物优势物种;浮游动物4类435种,以原生动物和轮虫为主,侠盗虫（Strobilidium sp.）、沟渠异足猛水蚤（Canthocamptus staphylinus）和Astramoeba radiosa为六大流域的广布种。浮游植物和动物的平均密度分别为1.077×10~3 ind/L和0.076×10~3个/L。在空间尺度上,浮游生物物种数流域下游河流高于上游河流,浮游植物物种数南坡流域高于北坡流域,而浮游动物物种数则呈现出北坡流域高于南坡流域。此外,石羊河流域浮游生物物种最多,青海湖流域浮游生物物种最少。（2）祁连山六大流域浮游生物多样性指数差异较大,不同流域间呈现出明显异质性。其中,浮游植物Shannon-Wiener指数平均值为2.580,且石羊河流域H最高而青海湖流域最低;Simpson指数平均值为0.773,且黄河流域最高而青海湖流域最低;Pielous′均匀度指数平均值为0.723,且石羊河流域最高而黑河流域最低。与浮游植物相比,浮游动物多样性指数较低,其Shannon-Wiener指数平均值为1.668,且黄河流域最高而黑河流域最低;Simpson指数平均值为0.591,且石羊河流域最高,为0.692,黑河流域最低;Pielous′均匀度指数平均值为0.712,且青海湖流域最高而疏勒河流域最低。同时,祁连山六大流域浮游植物Jaccard相异性指数介于0.682-0.782之间,S（?）rensen相异性指数介于0.517-0.642之间,而浮游动物两指数分别指介于0.847-0.956之间和0.735-0.916之间。其中,石羊河流域与青海湖流域浮游植物两指数最大,而与黄河流域最小;青海湖流域与疏勒河流域浮游动物两指数最大,而与柴达木盆地流域最小。进一步分析表明,祁连山六大流域浮游生物β多样性主要是由群落物种更替引起的。（3）祁连山六大流域浮游生物群落结构特征主要受水温、营养物浓度、流速、氧化还原电位和电导率等因素的影响,但这些因素的影响作用存在差异。其中,浮游植物群落结构主要受水温、全氮、海拔、流速和浮游动物捕食的影响,而浮游动物群落结构主要受硝态氮、流速和浮游植物的影响。同时,六大流域间水体化学性质均存在差异,而物理性质的差异仅体现在水温和电导率。此外,浮游植物密度与水温和全氮呈显著正相关,浮游植物多样性指数与溶解氧、硝态氮和氧化还原电位呈正相关,而浮游植物多样性指数和浮游植物密度分别与流速和海拔呈负相关;浮游动物密度与硝态氮呈负相关,与pH呈正相关,多样性指数与浊度、溶解氧、氧化还原电位呈正相关。综上所述,祁连山六大流域浮游植物群落类型为硅藻-绿藻-蓝藻型,浮游动物群落以原生动物和轮虫为主,且黑河流域浮游生物密度最低。在空间分布上,流域上游浮游生物物种数多于流域下游,且南坡流域浮游植物物种数多于北坡流域,而北坡流域浮游动物物种数多于南坡流域;石羊河流域浮游生物多样性相对较高,而黑河流域浮游生物多样性相对较低。浮游生物群落结构特征主要受海拔、水温、营养物浓度、流速和生物捕食关系的影响。上述研究不仅阐明了祁连山六大流域浮游生物群落结构的主要特征,而且也加深了水环境因素对流域浮游生物群落结构影响机制的理解,为祁连山流域水生态系统保护修复提供了重要数据基础和科技支撑。