加快社会主义新农村建设，逐步解决当前我国城乡二元经济体制存在的诸多弊端，提高农民生产和生活水平一直是近年来党和国家的重要使命。2004年到2012年连续8年的中央1号文件都把“三农”问题作为首要问题提出，足见当前农村经济的发展对于我国社会主义建设的重要性。经济的发展离不开金融的支持，但当前我国尚未形成完善的农村金融体系，农村金融供给严重不足，农村经济发展受到一定的限制。因此大力发展农村金融机构，加快建设农村金融体系就显得尤为重要。农村信用社作为农村金融的重要力量，在我国农村金融体系中占有重要的地位。然而随着农村信用社的不断发展，其自身合作金融的种种问题变得越来越突出，导致农村信用社不能够很好的完成支农的使命。因此许多学者开始研究农村信用社的改革问题，逐步形成了农村信用社由合作金融模式转为商业金融的整体思路。农村商业银行就是在农村信用社的不断改革中诞生的，是农村信用社改革后三种模式其中之一。自农村商业银行出现以来，在我国农村金融体系中发挥了越来越重要的作用。然而，农村商业银行成立时间较短，又是由农村信用社改组而来，与其他商业性金融机构相比，在产权结构、法人性质、内部控制与管理、金融技术和产品的创新以及人才引进与培养等方面均存在一定的不同，因此如何让农村商业银行这种金融机构更好的发展就显得尤为重要。本文首先研究了农村商业银行的建立背景、特征与当前中国农村商业的发展现状，试图从宏观的角度了解中国农村商业银行的整体情况，然后从效率的角度入手，通过数据包络分析（DEA）的方法，选取了当前中国资产规模最大和成立时间最长的12家具有代表性的农村商业银行为研究样本，通过提取其财务报表的数据，测算了中国样本农村商业银行2009年-2011年的综合技术效率、纯技术效率、规模效率、投入产出冗余以及3年来全要素生产率进步指数等相关指标，定量分析了当前我国农村商业银行效率是否有效以及效率不足的原因，同时综合以往学者的研究成果，运用层次分析法（AHP）测算了影响中国农村商业银行运行效率各因素的相应权重，通过实证分析结果有针对性的提出了提高中国农村商业银行运行效率的对策和建议。