【摘 要】
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猫杯状病毒(Feline Calicivirus,FCV)属杯状病毒科(Calicivirudae),水疮性病毒属(Vesivirus),为单股正链不分节段RNA病毒。FCV在猫科动物中感染率较高,幼猫中感染性最强,通常以猫的上呼吸道和口腔病变为主。研究报道,不同亚型FCV的基因组序列显示多样性,故本文主要从FCV全基因组序列的遗传进化树分析其遗传进化多样性,在此基础上来建立SYBR Green
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猫杯状病毒(Feline Calicivirus,FCV)属杯状病毒科(Calicivirudae),水疮性病毒属(Vesivirus),为单股正链不分节段RNA病毒。FCV在猫科动物中感染率较高,幼猫中感染性最强,通常以猫的上呼吸道和口腔病变为主。研究报道,不同亚型FCV的基因组序列显示多样性,故本文主要从FCV全基因组序列的遗传进化树分析其遗传进化多样性,在此基础上来建立SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。结果如下:根据NCBI上发表的FCV不同地区全基因组序列保守区设计检测引物,对安徽合肥市地区采集的32份猫口鼻眼拭子样品进行PCR检测。结果显示FCV阳性率为31.25%,表明FCV感染率较高。利用MEGA 7.0软件进行遗传进化树分析,证实了FCV基因组存在多样性。根据各地区FCV毒株全基因组序列特点设计4对引物,对合肥地区FCV检测阳性样品进行全基因组扩增并测序后分析。其全基因组长度为7687 bp,含3个开放阅读框(ORF),其特异性保守区段仅显示在ORF1的P30基因头尾区段及ORF2的前段。这进一步证实了FCV全基因组的多样性。根据FCV全基因组保守区段特点设计实时荧光定量RT-q PCR引物,建立了基于SYBR Green I的RT-q PCR检测方法。并对其优化了反应条件及体系,进行了敏感性和重复性试验以及临床样本检测的初步应用。实验结果显示,除FCV外,猫泛白细胞减少症病毒(FPV)、猫冠状病毒(FCo V)、猫疱疹病毒(FHV)等常见猫病病原检测呈阴性,显示其特异性良好。本研究建立的SYBR Green I RT-q PCR的检测灵敏度可达42.4拷贝/μL,敏感性高于常规RT-PCR方法100倍左右。组内变异系数小于1%及组间变异系数较小,表明该检测方法重复性较好。利用SYBR Green I RT-q PCR检测方法对32份来自安徽部分地区的临床样品进行检测,阳性检出率为40.63%,比常规RT-PCR的阳性检出率高,表明该方法可用于临床样品的检测。该方法的建立为临床样品中FCV快速高效检测提供了技术支持。
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