全面“营改增”后,一方面我国增值税在税收收入的比重不断加大,另一方面由于增值税发票使用数量的剧增进一步增加了虚开各类增值税发票的风险。在各类增值税发票中,有一种发票十分特殊,这就是农产品收购发票。农产品收购发票具有自行开具、自行申报、自行抵扣的特点。正因农产品收购发票的“三自”特点,既导致第三方的有效监督缺失,又导致税务机关的管控失效,造成了近年来虚开农产品收购发票犯罪居高不下。与此同时,随着金税三期的全面上线,依托其大数据系统强大的分析比对、风险预警功能有效地防范和打击了各类虚开发票行为。虽然金税三期大数据系统对防范和打击各类虚开发票尤其是增值税专用发票效果显著,但不管是传统的管控方法,还是金税三期的大数据系统依旧在虚开农产品收购发票的管控上十分薄弱并存在许多问题。因此,基于这种背景,有必要结合金税三期大数据系统对虚开农产品收购发票的管控问题进行深入研究,对存在的问题提出科学可行的管控对策。为此,本文以提出问题、分析问题、解决问题为基本思路,分五个部分进行阐述。首先交代了文章的写作背景、意义、方法等内容,然后以信息不对称理论和税收遵从理论作为文章的理论支持。同时,为增加理论与文章的联系,重点分析了这些理论对税收征管的启示。接着,对虚开农产品收购发票相关问题进行深入分析。通过对基本情况、特点、原因、危害、管控方法、存在的问题逐一分析,一方面进一步阐明对其研究的必要性和意义,另一方面为接下来解决问题提供理论依据。再接着,进行案例分析,选取作者税局工作中的真实案例进行分析。通过案例分析,既承接前文(即第三部分)并进一步印证、强化前文的相关叙述,又自然的引出后文第五部分,为即将展开的对策建议提供事实依据。最后,综合全文的分析研究,从政策制度、金税三期大数据系统、征管三方面提出相应对策建议。