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本研究选用多花黑麦草国审品种“长江2号”、“特高”、“阿伯德”、“杰威”及杂交亲本为对照,于2010-2012年对13个多花黑麦草品种(系)同时在雅安和洪雅开展品种比较试验,通过对其农艺性状进行综合分析评价,以期筛选出优质高产、适合西南地区栽培种植的多花黑麦草新品种,为进一步区域试验和生产推广提供依据。另外,以两个多花黑麦草国家审定品种为材料,通过对不同混合单株梯度下样本间遗传多样性的差异分析,确立了利用SSR标记鉴定多花黑麦草品种群体时的科学取样策略,并基于此策略初步构建21个多花黑麦草品种(系)的特异性指纹图谱,为我国多花黑麦草品种大型DNA指纹数据库的构建奠定了基础,为多花黑麦草种质资源管理、品种申报及品种知识产权保护等方面提供一定科学依据。主要研究结果如下：(1)13个多花黑麦草品种(系)比较试验结果表明：佛罗里达4N、Z3和Z6三个新品系产量表现最优异,具有很好的丰产能力和稳产性能,其中,Z3冬春季节产量优势尤为明显。若仅统计前三茬草产量,Z3新品系2010-2012两年度平均干草产量可达12994kg/hm2,比对照增产11.50～15.66%；两年度平均鲜草产量为98973kg/hm2,比对照增产9.47-12.82%,适合于稻-草、玉米-黑麦草等粮草轮作。另外Z3多花黑麦草叶量丰富,适应性强,在整个生育期内,植株高度显著高于对照,冬春季节生长速度快,尤其是冬季(12月下旬～次年2月中旬)优势明显,可达0.403cm/d。(2)从多花黑麦草国审品种“长江2号”和“特高”群体中,分别提取50个单株DNA,同时提取5、10、15、20、25和30个单株叶片混合样本的DNA,利用SSR(Simple sequence repeats)标记进行遗传多态性分析。研究结果发现：取样梯度间多态性信息含量指数(PIC)差异不显著(P>0.05),但当混合单株样本为20株时,PIC达到最高值；SSR平均等位基因数和单个SSR座位上等位基因种类随样品内单株混合数目增加而增加,当取样量在20株及以上时,等位基因数和等位基因种类趋于稳定,电泳图谱表现基本一致；不考虑稀有等位基因(基因频率≤10%)的漏检,采用20株混合样本能够最大限度保持检出较高频率(>10%)等位基因,且重演性较好。鉴于此,利用SSR标记分析多花黑麦草遗传多样性时采用20个单株混合样提取的DNA样本能够有效地反映群体间差异。(3)以20个单株叶片混合提取DNA样本,利用SSR标记,基于多态性高、稳定性强和连锁群分布均匀的原则,从100对多花黑麦草基因组来源的SSR引物中,筛选出12对引物用来构建21个多花黑麦草品种(系)的指纹图谱。12对SSR引物共扩增出108种多态性基因型,多态性比率达94.15%,每个多态性引物分别能扩增出5-22条多态性条带,平均每对引物扩增出9种基因型,多态性信息量变幅为(PIC)0.744～0.934,平均为0.843,此12对引物可以在构建多花黑麦草品种DNA指纹数据库作为核心引物推荐使用。21个多花黑麦草品种(系)基因型间遗传相似性系数在0.4956～0.8571之间,UPGMA聚类分析表明,在相似系数0.68处可将全部材料分为3大类。7对引物在9个品种上具有唯一特征带,采用15-08C单对引物即可将21个多花黑麦草品种完全区分开,该对引物不仅多态性高(PIC=0.934),且具备多个品种的特征谱带,基于该引物建立了供试品种指纹图谱标准模式图,每个品种具有唯一的指纹图谱(带型)。