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大豆(Glycine max L.)是重要的植物性蛋白质来源,它含有约40%的蛋白质。南方大豆品质育种的主要目标是高蛋白。在中国大豆产业亟待振兴的背景下,玉米-大豆带状复合种植技术增加了大豆的种植面积,提高了农民经济效益,但在该模式下,大豆蛋白质含量是否发生变化,以及如何发生变化尚不清楚。为了明确在玉米-大豆带状复合种植模式下大豆籽粒蛋白质含量的遗传机制,为大豆品质育种研究奠定基础,本研究在建立了SNP高密度遗传连锁图谱的基础上,选用以南豆12(ND12)和九月黄(JYH)为亲本所构建的重组自交系群体(RILs)为材料,对3个环境(E1:2017年仁寿;E2:2017年雅安;E3:2016年仁寿)以及净作、套作下的总蛋白质含量和贮藏蛋白11S、7S组分相对含量进行测定,采用生物信息学的分析方法,对大豆籽粒蛋白质含量相关性状进行QTL定位和候选基因分析,并利用荧光定量PCR检测候选基因在种子发育过程中的表达量变化,探索候选基因与大豆蛋白质合成的相关性。主要研究结论如下:1.不同环境、不同种植方式对大豆蛋白质含量及相关性状影响较大。E1、E2下,九月黄的总蛋白质含量及净作下11S/7S比值显著或极显著高于南豆12;E3下两亲本间的11S/7S比值差异极显著,总蛋白质含量差异不显著。不同种植方式下亲本间的三个蛋白质含量相关性状表型差异达到显著或极显著。除不同环境下11S与7S之和差异不显著以外,RIL群体的蛋白质含量相关性状表型在环境、种植方式和家系三因素及其因素互作条件下的差异呈显著或极显著。2.利用完备区间作图法(ICIM)总共检测到37个蛋白质含量相关性状的QTL。其中19个QTL控制总蛋白质含量,分布于11条染色体,解释3.62%–19.22%的表型变异,在净作和套作下分别检测到7个和12个QTL位点;18个QTL控制大豆贮藏蛋白11S、7S组分相对含量,分布于14条染色体,贡献率为5.63%–9.68%,在净作和套作下分别检测到8个和10个QTL位点。3.根据大豆基因组信息,在与蛋白质含量相关的QTL区段中注释到2,534个基因。在控制总蛋白质含量的QTL区段中注释了1,995个基因,其中在净作下的QTL中注释了1,222个,在套作下注释到773个。在控制籽粒贮藏蛋白11S、7S组分相对含量的QTL区段中共注释了539个基因,在净作下有165个基因,在套作下有374个基因。根据注释信息,从中选出4个与蛋白质含量相关候选基因:Glyma.14G086300、Glyma.16G066600、Glyma.16G109200和Glyma.06G243800。4.在两种处理下,4个家系材料在开花后30 d、40 d、50 d、60 d的总蛋白质含量总体呈现先升高后平稳或略降低的积累趋势,且在荫蔽胁迫下显著或极显著高于正常光照。候选基因SF14在种子发育的过程中表达量急剧下降,LASP的趋势大致与SF14相反,AP4E1大体呈开花后30 d–40 d下降而40 d–60 d上升的趋势,TYR的总体趋势与AP4E1相反;SF14和LASP在多数材料中的表达量于正常光照下更高。