论文部分内容阅读
猪丁型冠状病毒(Porcinedeltacoronavirus,PDCoV)是有囊膜的正链RNA病毒,属于冠状病毒科、丁型冠状病毒属。PDCoV能够引起各个年龄阶段的猪腹泻和仔猪死亡,与猪流行性腹泻病毒感染的临床症状相似,很难通过临床症状辨别。PDCoV具有广泛的组织嗜性,多种脏器中均能检测到PDCoV,感染机制复杂,探究其感染机制对防控PDCoV具有重要意义。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸并且不能翻译蛋白质的非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)。哺乳动物的基因组序列中4%~9%序列产生的转录本是lncRNA,相应蛋白编码RNA的比例仅1%。研究表明,lncRNA在众多生命活动中发挥重要的作用,因而成为遗传学的研究重点。近几年lncRNA的研究发展迅速,各类lncRNA被大量发现,但对于绝大多数lncRNA的功能尚不清楚。目前对lncRNA的研究大多都集中在癌症和心血管疾病上,而在病毒感染过程中的功能仍知之甚少。为了探索lncRNA在PDCoV感染中的功能,本研究首先利用RT-qPCR对PDCoV感染猪源细胞ST的lncRNA差异表达谱进行验证。对随机挑选的5条显著上调表达lncRNA(LNC-001155、LNC-000737、LNC-000520、LNC-000781、ALDBSSCT0000010704 等)的验证结果显示,除了 ALDBSSCT0000010704,其他lncRNA表达动态与RNA-seq数据一致。在此基础上选择上调显著的lncRNA-000781为研究对象,分析PDCoV不同感染剂量及感染时间对lncRNA-000781表达的影响及宿主细胞lncRNA-000781的表达对PDCoV复制的影响。结果显示,在ST细胞中,lncRNA-000781的表达与PDCoV的感染剂量及感染时间呈正相关,lncRNA-000781在ST细胞中过表达能够显著抑制PDCoV的复制。通过ORF Finfer预测并验证lncRNA-000781 上的开放阅读框(openreadingfram,ORF),结果发现 lncRNA-000781 ORF3和ORF6能够编码小肽,共聚焦显微镜进一步发现lncRNA-000781 ORF3与细胞线粒体几乎完全共定位,具体机制还需深入研究。病毒蛋白的特异性抗体是研究病毒感染机制的重要工具,为了方便进一步研究PDCoV的复制机制,我们制备了 PDCoV非结构蛋白Nsp5、Nsp8和Nsp10的特异性抗体。以PDCoV的cDNA为模板,成功克隆Nsp5、Nsp8和Nsp10基因并插入pET-28a原核表达载体,完成在E.coliBL21(DE3)中进行蛋白表达。Western blot结果显示,Nsp5、Nsp8和Nsp10在E.coli中以可溶性形式表达。以纯化的Nsp5、Nsp8和Nsp10蛋白为抗原免疫BALB/C小鼠来制备多克隆抗体,western blot结果显示,小鼠源的Nsp5、Nsp8及Nsp10抗体能与感染细胞中的PDCoV非结构蛋白Nsp5、Nsp8及Nsp10发生特异性反应,表明制备的鼠Nsp5、Nsp8和Nsp10抗体具有良好的反应性及特异性。综上所述,本研究证明了 lncRNA-000781抑制PDCoV复制,发现了 lncRNA-000781的ORF3和ORF6具有编码潜能,制备了 PDCoV的Nsp5、Nsp8和Nsp10的鼠源多克隆抗体,为深入研究lncRNA-000781在PDCoV复制中的功能研究奠定了基础。