基于实时PCR的结核分枝杆菌分子诊断的研究

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:pengguanxin
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本论文包含三部分内容,第一部分采用实时PCR技术建立了结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)的检测体系。第二部分采用磁珠法建立痰液中结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因组的提取方法,并通过第一部分建立的检测体系评价提取效果,最终利用实时PCR技术和磁珠法提取方案,实现了痰液标本中MTB的高灵敏度的检测。第三部分利用实时PCR技术建立了一种可以同时检测MTBC以及临床和环境中常见非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacteria,NTM)的方法。   第一部分,建立了MTBC的实时PCR检测体系。培养法是检测MTB的金标准。但是,由于MTB生长缓慢,一般培养大约需要3~4周,如果是阴性结果则需要时间更长才能报告检测结果,加之培养环境的特殊性,使其不利于应用到临床和基层的MTB检测的工作中。痰液涂片镜检的速度虽快,但是灵敏度低,易出现漏检,且不能区分MTB和NTM,从而导致假阳性结果出现。因此需要一种简单快速、灵敏度高、特异性好的方法应用于临床MTB检测。本实验针对MTBC基因组中特有的IS6110插入序列设计引物和探针,以实时PCR技术为检测平台,实现了对MTB的快速检测。共检测了100份培养阳性的菌株,本方法检测结果与培养标本检测结果一致率达到100%(100/100)。对105份临床痰液标本的检测结果与痰涂片镜检结果相比,灵敏度为98.3%(59/60),特异性为88.8%(40/45)。   第二部分:实现了痰液中MTB基因组DNA的磁珠法提取。结核病人的痰液样本中含有大量的粘蛋白、细菌、人体细胞和呼吸道分泌物等,若用核酸扩增方法对痰液中MTB进行检测,则需要克服痰液中的杂质对PCR反应体系的抑制作用。使用磁珠法可以有效提高提取模板的纯度,于是我们利用磁珠法对痰液中的MTB基因组DNA进行提取,建立了磁珠法提取痰液中MTB基因组DNA的方法,并通过第一部分建立的体系评价了提取效果。最后通过检测临床标本进一步验证。一共检测了有痰涂片结果的痰液标本140份,与痰涂片结果相比灵敏度为100%(85/85),特异性为69.1%(38/55)。同时检测了痰涂片阳性标本144份,这些标本有培养结果对照,实时PCR检测结果与培养结果相比灵敏度为100%(112/112),特异性为37.5%(12/32)。   第三部分,建立了一种可以同时检测MTBC以及常见NTM的实时PCR检测体系。近年来,艾滋病的流行、人口的老龄化、服用免疫抑制剂等因素导致人们免疫力低下,使得分枝杆菌病的感染率和发病率呈逐渐上升趋势。因此找到一种能快速检测出分枝杆菌的方法,这对于有效地防治该病有非常重要的意义。本论文建立了一种可以同时检测MTBC及临床和环境中常见的23种NTM的检测体系。检测体系通过了国家参考品盘和临床标本的验证,结果证明此体系可用于分枝杆菌感染的快速筛查。共检测了90份痰液标本,其中45份涂片阳性标本中,39份检测出含有MTB,6份标本同时含有MTB和NTM。45份涂片阴性标本中,5份检测到NTM,其余40份检测结果为阴性。实时PCR检测结果与痰涂片结果相比,总符合率为94.4%(85/90)。  
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