马肉的特性在欧洲国家已被多个研究人员广泛的研究,概括起来,这种肉被描述为低脂肪,富含铁和有益的饮食脂肪酸中含有高含量的不饱和脂肪酸。蒙古马作为草原五大家畜之首,是中国最优秀马品种资源之一,是我国长期以来役用马匹的重要基础马种。因此,依托传统马产业优势,促进现代马业发展,构建现代畜牧业产业体系具有重要的现实意义。为了解蒙古马肉品质和营养成分的特点,本研究以蒙古马肌肉为研究对象,对其肉品质和营养成分指标进行测定,分析影响蒙古马马肉肉品质以及营养成分的因素,选择蒙古马马肉嫩度差异较大的样品进行转录组分析,筛选出马肉嫩度的相关候选基因,并利用q RT-PCR技术验证调控蒙古马马肉嫩度的功能基因,旨在为蒙古马肉生产和品质定位提供参考数据及理论依据。试验选用20匹2岁蒙古马,屠宰后分别取前肢、背部以及后肢部位肌肉,对其不同部位肌肉肉品质指标进行比较,发现不同部位肌肉p H、肉色、失水率、蒸煮损失率、剪切力存在极显著差异（P<0.01）,其中前肢肉色最高、剪切力最低;分析不同部位和不同地区的马肉对国内外26匹蒙古马马肉营养成分的影响,发现不同部位肌肉中蛋白、脂肪、灰分含量以及脂肪酸组成均无显著差异,矿物元素铁和锌的含量在前肢显著高于后肢（P<0.05）;不同地区马肉营养成分中蛋白、脂肪和灰分含量无显著差异,饱和脂肪酸（saturated fatty acid,SFA）中C15:0和C16:0的含量在蒙古国Bulgan省和Tuv省的马肉中极显著高于国内蒙古马（P<0.01）,不饱和脂肪酸（unsaturated fatty acid,UFA）中C17:1、C18:2n-6c和C18:3n-3的含量均在国内马肉中显著高于蒙古国两个省（P<0.05）,而矿物元素中铁的含量在国内马肉中极显著高于国外两个省（P<0.01）,钙的含量在蒙古国Bulgan省最高,其次是Tuv省,国内马肉中最低（P<0.05）,硒的含量在国内马肉中显著高于其它两个地区马肉（P<0.05）。根据上述试验结果后肢部位肌肉剪切力显著高于前肢,从中选择8匹前肢和后肢差异较大的蒙古马马肉样品进行转录组测序。结果发现前肢和后肢相比差异表达分析筛选到513个差异表达基因,其中266个上调基因,247个下调基因;通过GO功能注释发现差异表达基因主要富集在氧化还原过程（oxidation-reduction process）、蛋白质磷酸化（protein phosphorylation）、蛋白水解（proteolysis）、运动行为（locomotory behavior）、蛋白质去磷酸化（protein dephosphorylation）,细胞组分的细胞质（cytoplasm）、膜的组成部分（integral component of membrane）、胞质溶胶（cytosol）、质膜的组成部分（integral component of plasma membrane）、细胞骨架（cytoskeleton）和分子功能的蛋白质结合（protein binding）、钙离子结合（calcium ion binding）、金属离子结合（metal ion binding）、锌离子结合（zinc ion binding）、蛋白质同型二聚物活性（protein homodimerization activity）等与肌肉生成相关的生物过程;KEGG通路富集发现差异表达基因富集在与肉质性状相关的氨基酸生物合成（Biosynthesis of amino acids）、钙信号通路（Calcium signaling pathway）、PPAR信号通路（PPAR signaling pathway）、脂肪酸生物合成（Fatty acid biosynthesis）、甘油酯代谢（Glycerolipid metabolism）等通路;筛选了TNNC1、FABP3、UCP2、LPL、GPAM等主要与肌肉中肌钙蛋含量和肌内脂肪沉积相关,进而影响蒙古马肉嫩度的候选基因。利用荧光定量PCR验证了包括HOXC10、HOX D8、LIMK2、GRHR2、GPAM和PPM1J等基因在蒙古马前肢与后肢肌肉中的相对表达量,结果与转录组测序结果相符。