本文在已有的水质资本理论及价值核算研究基础上，主要研究水质资源有偿使用的制度安排。质量资本以自然资本理论为基础，同时与外部性理论和产权理论紧密相联，分析这三个理论的发展有助于更加深入地理解质量资本理论的渊源。本文对绿色GDP、生态补偿实践及水资源有偿使用的实践进行了多方面的探讨，分析了有偿使用的发展趋势，认为今后的发展是水资源的多维定价即将水资源的各个属性分别定价并计入国民经济核算体系。对已有的质量资本理论和水质定价方法进一步完善，并用扣除生态需(用)水量的方法对水质定价结果进行修正。水质资本有偿使用的基本原则是“国家所有、全民使用、使用者向国家支付，国家向保护(生产)者转移”，按此原则进行有偿使用的制度安排。实现有偿使用可选行政纵向转移支付的方式，以体现国家产权的有偿使用方式、以国家或上级政府财政的纵向拨款来实现对水源区居民的教育、就业、产业转移、水源保护及社会低保等进行转移支付；收取方式上，前期试点可选择费的方式，便于试点工作的开展，但在长期完善的情况下征税是必然趋势。以收税的方式将水质价值纳入国民核算体系意义十分重大。有偿使用的管理体制安排主要从水质资源有偿使用管理制度、区域主体功能定位、国家监管体制设计以及各方利益调整机制四个方面构建，以实现水质资源的可持续保护。本文的研究工作可以为我国的水资源管理和其他自然资源的有偿使用提供借鉴。