Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1基因的克隆及其结构蛋白的生物学特性预测

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Ⅰ型鸭病毒性肝炎是由Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus serotypeⅠ)引起雏鸭的一种急性高度致死性传染病,主要侵害4周龄以内的雏鸭,特别是不足1周龄的雏鸭最易感染,死亡率可达90%以上,是危害养鸭业最为严重的传染病之一。1945年在美国首次发现,我国于1963年在上海首次报道了该病的临床病例,至今,全国各养鸭地区均有不同程度的发生和流行。因此对该病及病源进行研究具有重要的意义。本论文以试验室保存的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒疫苗毒株为研究材料,开展了病毒检测、VP1基因的克隆测序、序列分析、生物学特性预测等几个方面的研究。1.根据GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的基因序列,在相对保守的区域设计合成了1对特异性引物,以疫苗株的核酸为模板进行RT-PCR扩增,得到预期大小的目的片段,并对该方法的敏感性、特异性进行了检测,结果表明本试验所运用的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法具有较高的敏感性和特异性,最低RNA模板检出量为20pg,I型DHV疫苗株的检测结果为阳性,NDV、IBDV和正常鸭胚尿囊液的检测结果均为阴性。因此所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的快速鉴别诊断。2.本研究根据GenBank上己发表的DHV-ⅠVP1基因序列,设计合成一对特异性引物,采用病毒感染鸡胚的方法提取鸡胚尿囊液中病毒总RNA,以此为模版,通过RT-PCR技术扩增VP1基因,成功地获得大小为714bp的特异性条带,PCR产物和质粒PET32a(+)分别进行双酶切,然后将回收的VP1酶切产物和PET32a(+)质粒酶切产物连接,构建了重组质粒PET/VP1,并转化到大肠杆菌DH5α中,进行抗性筛选,转化子经PCR鉴定和双酶切分析筛选出阳性克隆,并经琼脂糖凝胶电泳验证。通过对VP1基因测序结果分析表明:DHV-Ⅰ疫苗株的VP1基因的核苷酸序列与ZI07株、AV2111株、SY5株、XZ株、SH株、ZJ株的同源性分别为99.4%、99.3%、99%、92.3%92.1%、91.7%;氨基酸同源性分别为100%、99.6%、99.2%、96.6%、96.2%、94.9%。由基因进化树分析可知DHV-Ⅰ疫苗株的VP1基因与XZ株、SH株、ZJ株处于不同分支,亲缘关系较远,而与ZI07株、AV2111株、SY5株亲缘关系较近,其中与ZI07株的VP1基因的核苷酸处于一个较小的分枝上,亲缘关系最近。由核苷酸和氨基酸同源性分析可知,DHV-Ⅰ疫苗株与国内DHV-Ⅰ各毒株的VP1基因的核苷酸和氨基酸的同源性都比较高,具有不同程度的亲缘关系。3.DHV-Ⅰ基因组结构的真实面貌现在并不完全为人所知,结构蛋白和非结构蛋白的组成及功能更是需要通过大量试验来最终认定,本研究应用生物信息学技术,对VP1结构蛋白的理化性质、二级结构及其潜在的B细胞抗原表位进行了预测和分析,所得到的结果为VP1结构蛋白的生物学研究及亚单位型疫苗的制备提供了初步的理论基础。
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