股权转让纠纷已经成为近年来公司法案件的主要类型。但因我国公司法及其相关司法解释的规定尚不成熟，司法实践中出现了“同案不同判”的现象。笔者将其中在理论上出现分歧最大的问题，作为本文论述的焦点，尝试利用法学理论与司法实践相结合的方式搭建本文的写作模式，以达到两方面的目的：其一，理论上梳理繁多的争议，从指导思想上开拓视野；其二，总结实践中经验，批评其不足，汲取其价值。
　　文章第一部分内容就围绕股权转让登记与合同的效力关系这一问题展开，首先从《公司法》的相关规定和理论界的争议点入手，厘清股权变动的效力与股权转让合同的效力的区别。其次，从股权内部转让登记、外部转让登记与股权变动的关联两方面的内容梳理了股权转让变更登记与股权转让合同的关系。经分析，认为登记这一行为只能具有一定范围内的对抗效力，无论是内部登记还是外部登记都不能成为股权变动的标志，进而提出应当以股权是否交付作为股权变动的标准的观点。
　　实践中关于瑕疵出资对股权转让效力的影响也存在不同的学说，而瑕疵股权转让合同的效力是确定后续责任如何承担的前提，因此第二章主要围绕瑕疵股权转让合同的效力问题进行分析。在第一部分，首先，瑕疵出资不会致使股权转让合同无效。无论从我国现行的《公司法》及相关法律解释的规定还是国外立法例来看，如果股东瑕疵出资，要承担一系列责任，但并没有做出任何否认出资人股东资格的规定。相反，如果出资人没有股东资格而让其对公司、对其他合格股东、对公司的债权人承担责任不仅于法没有依据，而且会导致相关民事主体难以追究其责任。因此，笔者认为只要没有经过一定的“除权程序”，瑕疵出资人应当具有公司的股东资格，其对外转让其股权的合同应当获得法律效力。其次，当事人的意思表示对瑕疵股权转让合同效力的影响应当分是否存在欺诈、重大误解或显失公平三种情况对待，另外也要考虑无偿转让股权中责任的承担问题。据此，笔者认为，案例中当事人的意思表示并没有对瑕疵股权转让合同的法律效力形成影响，而案件中两份《股权转让协议书》皆为有效。在第二部分进一步从当事人意思表示瑕疵的三种情况分析了案例中的责任主体的判定和责任承担方式。
　　在第三部分中，笔者主要论述了瑕疵股权转让合同中股权受让人未经变更登记再向他人转让股权这一行为的法律效力问题。笔者借鉴物权法中的无权处分行为理论，认为此时股权受让人构成对原股权出让人之股权的无权处分，该转让合同的效力取决于原股权出让人的态度，即是否追认或者是否进行事后授权。