三峡工程的蓄水运行在产生巨大经济效益的同时,也显著改变了三峡区间流域原有地形地貌和水文情势,主体功能区战略和制度在该流域的落地实施,加速了该流域生态环境与土地利用格局的变化,使得该流域内部非点源污染问题愈发复杂。在加强生态环境保护、打好污染防治攻坚战、大力推进主体功能区建设与生态文明建设相统一的时代背景下,探究不同主体功能定位对三峡区间流域区县土地利用变化及非点源污染的影响规律,对防治三峡区间流域非点源污染,推进流域生态文明建设和主体功能区建设相统一,以及形成流域人与自然和谐发展的现代化建设新格局具有重要意义。本文在综合考虑三峡区间流域各区县主体功能定位和空间分布特征的基础上,选取下游重点生态功能区兴山县所在的香溪河流域和中游重点开发区开州区所在的澎溪河流域为典型研究区域,构建了香溪河流域和澎溪河流域非点源模型,并以实测径流和水质数据验证了模型在研究区域的适用性,基于模型结果探究了不同主体功能定位对兴山县和开州区土地利用变化及非点源总氮（TN）和总磷（TP）污染负荷的影响规律。所取得的主要成果如下:（1）针对主体功能区建设对区域环境影响的问题,提出了一套定量评估不同主体功能定位对区县土地利用及非点源污染负荷影响的技术方法,并在三峡区间流域典型功能区重点生态功能区兴山县和重点开发区开州区进行了应用分析。（2）以分布式物理模型为基础,构建了研究区域降雨径流非点源污染模型。基于高精度的土地利用、DEM、气象、土壤、点源以及乡镇尺度的附加非点源等基础数据,构建了香溪河流域和澎溪河流域降雨径流非点源污染模型,并以实测径流和水质数据对模型参数进行率定验证,率定期和验证期的R~2均在0.71以上,ENS均在0.60以上,模型具有较好的模拟效果,满足研究区域模拟精度的要求。（3）分析了重点生态功能区兴山县和重点开发区开州区两个典型主体功能区在主体功能区划战略制度实施前后的土地利用的变化趋势。不同主体功能定位对兴山县和开州区土地利用变化的影响不尽相同,重点生态功能区的定位加快了兴山县林地面积的年平均增加及耕地、草地面积的年平均缩减速率,延缓了建设用地面积的年平均扩张速率;重点开发区的定位延缓了开州区林地面积的年平均增加和耕地面积的年平均缩减速率,加快了草地面积的年平均缩减和建设用地面积的年平均扩张速率。2005年至2015年十年间,重点生态功能区兴山县和重点开发区开州区林地和建设用地面积均有增加,而耕地、草地面积均有减少,但主体功能区战略实施前后的年平均变化速率不同。2010年主体功能区划战略制度实施后,重点生态功能区定位下兴山县林地的年平均增加速率及耕地、草地面积的年平均减少速率分别由2.2%、5.4%和1.4%提高至2.7%、10.6%和1.5%,建设用地面积的年平均增加速率由11.1%降低至3.4%;重点开发区定位下开州区林地面积的年平均增加速率以及耕地面积的年平均减少速率分别由9.7%、9.4%降低至5.3%和8.3%,草地面积的年平均减少速率以及建设用地的年平均增加速率分别由1.4%和5.3%提高至11.0%和29.9%。（4）研究了重点生态功能区兴山县和重点开发区开州区两个典型主体功能区在主体功能区划战略制度实施前后非点源TN、TP污染负荷的变化规律。不同主体功能定位对兴山县和开州区非点源TN、TP污染负荷影响各异,重点生态功能区的定位提高了兴山县非点源TN、TP污染负荷的年平均削减速率,重点开发区的定位降低了开州区非点源TN、TP污染负荷的年平均削减速率。2005年至2015年十年间,重点生态功能区兴山县和重点开发区开州区非点源TN、TP污染负荷均呈下降趋势,兴山县、开州区的非点源总氮负荷分别降低1395吨和927吨,非点源总磷负荷分别降低77吨和171吨,但主体功能区战略实施前后的年平均变化速率不同。2010年主体功能区划战略制度实施后,重点生态功能区定位下兴山县TN、TP污染负荷的年平均降低速率分别由7.8%、9.1%提高至8.0%和9.6%;重点开发区定位下开州区TN、TP污染负荷的年平均降低速率分别由3.6%和5.1%下降至1.0%和1.5%。（5）针对主体功能定位改变,模拟分析了兴山县和开州区非点源TN、TP污染负荷在不同主体功能定位下的变化规律。相较于2010年主体功能区划战略制度实施之前,农产品主产区定位下区县TN、TP污染负荷均有增加,重点开发区和重点生态功能区定位下区县TN、TP污染负荷均有减少,但减少速率不同,重点生态功能区定位下区县TN、TP污染负荷的减少速率大于重点开发区定位下总氮、总磷污染负荷的减少速率。