违法所得没收程序是基于惩治和预防贪污腐败犯罪的现实需求而设立,具有适用对象对物性、适用范围特定性、适用程序独立性、证明标准独立性等特征。该程序偏重于程序的效率价值,对程序正义进行了有限的突破和减损,基于恢复犯罪破坏的社会关系、维护社会公共利益的正当目的性考量,其具有存在的必要性和正当性。通过在裁判文书网的检索,目前该网站能够查询的违法所得没收案件共52件,其中14个案件的裁判文书未进行公开,因此,笔者共获得38个完整的违法所得没收程序裁判文书,通过对这些样本的系统性分析,笔者发现违法所得没收程序在实践中呈现出适用案件少、涉案人员级别低、涉案金额少、利害关系人参与率、律师参与率低,适用案件范围不明确不统一、对被追诉人和利害关系人权利保障不充分、大部分案件不开庭审理、违法所得及涉案财物认定标准不明确不统一等缺陷和问题。违法所得没收程序的完善需要在综合分析我国实践现状的基础上,借鉴域外的制度,进行系统性制度搭建,并从程序上予以优化,具体的优化方案应从以下几个方面进行:首先是明晰违法所得没收程序的适用范围,被追诉人死亡的,不限制适用范围,被追诉人逃匿的,明确并严格限制适用范围。其次是完善违法所得的认定标准,宜采取民事证据标准对违法所得进行认定,同时允许被追诉人的合法财产抵扣无法追缴的非法所得,禁止没收近亲属的合法财产,规范推定的适用情形。再次是加强对利害关系人和被追诉人的权利保障,一要规定司法机关对被追诉人近亲属的查明和送达的义务,二要完善救济渠道和程序,赋予被追诉人上诉权,赋予未参与诉讼的利害关系人上诉和申请再审的主体资格,三要建立善意取得制度,正常买受人的权利应该进行必要的保护。最后是完善庭审方式,应该借鉴域外做法,引入强制代理制度并坚持开庭审理原则,以保障被追诉人权利,减少错案发生。