下呼吸道感染住院患儿人鼻病毒分子流行病学及其疫苗株生物特征研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ziyutianxia
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[目的]1、了解云南昆明地区下呼吸道感染患儿人鼻病毒(Human Rhinovirus,HRV)的血清型分布及其流行病学特征,为该地区儿童呼吸道感染病原学监测、防控策略的制定与实施提供参考。2、本研究对临床痰液样本中的HRV进行分离培养,获取毒种,并采用多种细胞进行分离株适应性传代培养,筛选出敏感细胞。为今后实验室分离HRV,以及相关疫苗的研究发展提供参考。[方法]1、本研究以2018年10月至2021年12月在昆明市儿童医院住院的下呼吸道感染患儿为研究对象。收集在此期间参与HRV核酸检测项目患者的病历信息以及核酸检测结果,并进行统计分析。2、于2019年09月-2021年12月期间,收集昆明市儿童医院HRV核酸检测结果为阳性的痰液样本(来自下呼吸道感染住院患儿),共计217份。样本保存于-80℃冰箱。通过逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)对痰液样本中的HRV进行检测分型,PCR 阳性产物送昆明擎科生物公司测序。测序结果在NCBI数据库中通过BLAST比对分析进行初步物种鉴定,然后通过系统发育分析进行最终确认。分型结果结合相关患儿的病历资料,采用SPSS25软件进行统计分析。3、通过RT-PCR分段测序获得HRV-A11临床株的全基因组序列,然后从GenBank数据库中获得HRV-A11参考序列;采用MEGA5.0软件构建系统发育树;使用SimPlot软件对临床株进行同源重组分析;使用BioEdit7.09软件对临床株的氨基酸突变进行比较分析。4、于2021年03月-2021年12月期间,在昆明市儿童医院呼吸内科采集到108例下呼吸道感染住院患儿痰液样本,并采用了 H1-Hela细胞对样本中的毒株进行分离培养,随后通过空斑纯化获取克隆纯化好的病毒分离株。继续将纯化好的分离株接种到状态良好的KMB17、RD、Vero以及Hep-2细胞上,进行细胞适应性传代培养。5、采用5’UTR通用引物以及VP1特异性引物对纯化后的分离株和细胞适应株进行物种鉴定,并通过透射电子显微镜技术和间接免疫荧光技术来佐证鉴定结果。接着对适应株进行病毒感染性滴度TCID50的测定并绘制一步生长曲线,以及噬斑实验,来初步探究适应株的部分生物学特性。6、通过RT-PCR分段测序获得适应株的全基因组序列,然后从GenBank数据库中获得参考序列;采用MEGA5.0软件构建系统发育树;使用SimPlot软件对分离株进行同源重组分析;使用BioEdit 7.09软件对分离株的氨基酸突变进行比较分析。[结果]1、2018年10月-2021年12月期间,昆明市儿童医院参与HRV核酸检测项目的总人次共计3349人次。HRV检出率分别为2018年14.85%(15/101),2019年 16.29%(235/1443),2020 年 14.89%(95/638),2021 年 15.85%(185/1167),4年平均检出率为15.47%。HRV全年都有检出,高峰主要集中在7-11月份。阳性样本中男女性别比约为1.8:1(340:190),0-1岁年龄段的男童占比最高,为26.79%(142/530)。其次为0-1岁的女童,占比14.34%(76/530)。HRV核酸阳性的患儿主要集中在6岁以内。HRV核酸阳性患儿的临床诊断主要以支气管肺炎74.91%(397/530)为主。2、本研究收集到的217份HRV核酸阳性痰液样本中,有84例阳性样本定型成功。其中 HRV-A 组占比 69%(58/84);HRV-B 组占比 2%(2/84);以及 HRV-C组占比29%(24/84)。其中HRV-A11和HRV-A12血清型数量最多,均为7例。HRV-A和HRV-C组感染相关的主要症状为咳嗽。HRV感染的患儿的临床诊断主要以支气管肺炎为主。在混合感染情况下,以HRV混合肺炎支原体、或EB病毒、或肺炎链球菌等较为常见。3、通过全基因组测序获得3株HRV-A11株全基因序列。分别命名为KM50、KM55和KM61。其与美国的XHZLKL、R3TYRP和WNJ7NJ毒株的亲缘性最近。三株HRV-A11临床株未发生同源重组。在三株HRV-A11临床株的P1a表位中,天冬酰胺被转变为天冬氨酸,异亮氨酸被转变为缬氨酸,丝氨酸被转变为甘氨酸,缬氨酸被转变为异亮氨酸,谷氨酰胺被转变为赖氨酸。4、本研究采用H1-Hela细胞进行病毒分离培养,成功获得2株病毒分离株HS017和HS021。将通过空斑纯化好的分离株接种到KMB17、RD、Vero以及Hep-2细胞上,结果只得到KMB17细胞适应毒株YN017与YN021。5、系统发育分析结果表明YN017与YN021株均属HRV-A16血清型。通过透射电镜可以观察到数个直径约30nm、无包膜、近似圆球形的病毒颗粒。适应株间接免疫荧光结果为阳性,提示YN017与YN021株均为HRV。适应株在KMB17细胞中稳定增殖,感染性滴度峰值分别为6.5833 1gTCIDs0/mL和6.5417 1gTCID50/mL。在病毒噬斑实验中,肉眼可见多个浅色斑块,形状有的近似圆形,有的边缘不规则。6、2株适应株与登录号为MH685687的参考株亲缘关系最近,分别为96.11%与96.05%,而与原型株(登录号为L24917)同源性分别为90.22%,与90.13%。2株适应株均未出现明显的同源重组。与原型株相比较,核苷酸突变数量分别为631个与667个,氨基酸突变数量分别为45个与50个。在本研究中2株分离株的RVA57-74表位中,第72位的苏氨酸转化为丝氨酸。在RVA97-114表位中,第114位谷氨酸转化为谷氨酰胺。[结论]1、在昆明市儿童医院下呼吸道感染住院患儿中HRV的检出率为15.47%,全年流行,流行高峰期为秋季,学龄前儿童为HRV易感人群,发病症状以咳嗽为主,诊断多为支气管肺炎。2、本研究中,HRV-A11、HRV-A12、HRV-A101和HRV-C45这四类血清型检出数量位居前四位。3、本研究获得3株中国境内流行的HRV-A11毒株的完整基因组序列,并发现VP1衣壳蛋白区P1a细胞表位有5处突变,可能会对病毒毒力造成影响。4、本研究获得了 2株HRV-A16分离株,并且其能够在KMB17细胞中稳定增殖,可以作为候选疫苗株,用于疫苗的研发。
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