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猪瘟病毒（Classical swine fever virus,CSFV）是黄病毒科（Flaviviridae）瘟病毒属（Pestivirus）成员,属于单股正链RNA病毒。CSFV引起的猪瘟（Classical swine fever,CSF）严重危害全球养猪业,造成巨大经济损失。目前猪瘟病毒被分为3个基因型（基因1、2和3型）和11个基因亚型（1.11.4、2.12.3和3.13.4）。自2000年以后,2.1亚型毒株在中国的流行越来越广,前期研究显示,2.1b为优势毒株。由于猪瘟兔化弱毒疫苗（C株）的广泛使用,我国猪瘟疫情得到较好控制,但是散发疫情仍时有发生。基于CSFV全基因组序列的深入分析可以揭示病毒最为全面的信息,并对病毒流行情况进行预测。为了寻找CSFV遗传演化规律,本研究利用高通量测序技术获得了1990-2018年间共3个基因亚型的82个CSFV全基因组序列,并结合NCBI下载的119个（尽可能多的）信息明确的CSFV全基因组序列进行了多项分析。结果显示,高通量测序技术测得的14个2.1b毒株之间全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.7%-99.6%和98.1%-99.8%,13个2.1c毒株之间全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为95.5%-99.2%和97.7%-99.4%。2.1b流行毒株与疫苗株之间全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为84%-85.1%和91.6%-92.6%,2.1c流行毒株与疫苗株之间全基因组核苷酸和推导氨基酸同源性分别为和83.9%-84.8%和91.7%-92.4%;CSFV全基因组序列的遗传进化树可揭示相对于CSFV的14个基因而言最可靠的进化信息,Erns、NS2、NS5A基因全长序列的进化分析均可得到与基于E2基因进化分析相似的结果;2.1b和2.1c流行毒株与疫苗株相比分别存在226个和249个氨基酸替换位点,替换比例分别为5.8%和6.4%;2.1b和2.1c流行毒株与疫苗株相比均在Erns蛋白的氨基酸替换比例最高（10.6%）;CSFV全基因组的贝叶斯系统进化分析显示,2.1b毒株的进化速率为1.604×10-3个替换/位点/年,高于CSFV整体和2.1c毒株。为了阐明当前我国猪瘟流行态势和CSFV遗传多样性,本研究于2018-2019年对包括吉林、黑龙江、浙江、广东、云南、北京、辽宁、河南、山东、河北、山西、广西在内的12个省（直辖市、自治区）进行了猪瘟流行病学调查,从873头猪采集的共计1031份各类样品中共检出CSFV阳性猪99头,个体流行率为11.34%（99/873）。遗传进化分析显示,流行毒株包括2.1b亚亚型、2.1c亚亚型和1.1亚型,近两年我国CSFV优势毒株为2.1b亚亚型。在吉林发现了由2.1b毒株引起的持续性感染。为了对CSFV的进化动力学进行更全面深入的研究,将流行病学调查所扩增的15个E2基因和从82个全基因组中截取的E2基因在内的471个（尽可能多的）信息明确的E2基因全长序列进行相关分析。结果显示,2.1b为优势毒株,它与C株E2基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.2-82.8%和86.1-89.3%,2.1c毒株与C株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.1%-83.1%和86.1%-89.8%;2.1b和2.1c亚亚型毒株与C株E2基因相比分别存在27个和36个氨基酸替换位点,替换比例分别为7.2%和9.7%;基于完整E2基因的贝叶斯分析显示,CSFV整体的进化速率为1.299×10-3个替换/位点/年,低于2.1b和2.1c亚亚型毒株;2.1b、2.1c流行毒株以及CSFV种群的E2基因选择压力测度参数ω（dN/dS）均小于1,表明CSFV承受的是纯化选择压力。以上分析结果在一定程度上解释了2.1b亚亚型成为优势基因型的原因,也暗示着2.1c毒株在未来进化之路上存在不确定性,加强对2.1c毒株的监测力度是十分有必要的。从康复仔猪中检测到带毒猪,证明了临床上CSF持续性感染猪的存在。