涉农重点专项资金来源广泛,其中以中央与地方投入的财政资金投入为重,而当前涉农重点专项财政资金涉及面广而分散,资金投入及管理方面存在日趋严重的违纪违规现象,资金的真实合规与否成为审计部门首要关注和监督的问题,是当前涉农重点专项资金审计工作的重中之重,也是涉农重点专项资金效益审计和经济责任审计的基础和前提。因此,研究涉农重点专项资金的财务审计的理论及现实必要性,探讨进一步提高审计部门查处涉农重点专项资金违纪违规问题能力的措施,有着极其深远的理论与现实意义。本文围绕农业综合开发资金和扶贫资金两项涉农重点专项资金的财务审计问题,首先从理论上给出涉农重点专项资金财务审计的必要性,进而通过对湖南省涉农重点专项资金重点投入县的问卷调查和抽查走访情况的分析,揭露农业综合开发和扶贫资金投入及管理上存在一些严重的问题,应当加强审计部门监督力度。其次,分析当前湖南省农业综合开发及扶贫资金财务审计存在的现实问题,主要以审计方式效率低、审计方法不全面、对违法违规行为督促整改及惩处缺乏力度、审计结果公开程度低四方面为重点内容展开论述,分别深入挖掘导致各问题的原因,并针对问题及原因提出相应改善对策,推行审计项目负责人委派制,强调全程审计,加大督促整改及惩处力度,完善政府审计公告制度。最后,文章指出审计部门应提出有效的改善资金财务管理审计建议,配合资金管理相关部门完善财务管理制度,监督并促进涉农重点专项资金真实合规高效运作。