深港合作始于深圳经济特区建立之初。经过30多年的发展,深圳和香港之间形成了优势互补、互利共赢、共同发展的关系。特别是2004年以来,两地政府每年召开一次“深港合作会议”,研究有关合作的议题,并签署了一系列重要协议,深港合作机制逐步建立和完善,合作领域逐渐扩大,合作水平明显提升,促进了区域经济的发展。近几年,在《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》(CEPA)及其补充协议的推动下,内地和香港的交往越来越频繁。但是,制度性问题成为影响和制约两地融合发展的主要障碍,而且制度层面的矛盾日益突出。面前经济全球化和区域经济一体化浪潮,加强深港合作有利于更好地应当挑战、把握机遇、促进发展。深圳作为香港的“邻居”和我国改革开放的“前沿”,如何深化与香港的合作关系,建立健全更加富有成效的合作机制,为进一步落实“一国两制”方针、维护香港长期繁荣稳定试水探路,这是中央关注的问题,也是深港两地政府和市民关心的问题。新制度经济学认为,有效的制度安排有利于促进合作、化解冲突、促进经济增长。为此,本文运用新制度经济学的制度变迁理论、互惠制度理论对深港合作情况进行研究分析,阐释了合作中的制度性障碍,提出了建立深港互惠型合作机制的建议。本文分为六个部分：第一章,导言。阐述了本研究的背景和意义,对国内外有关区域合作的研究成果进行了简单评述,并提出了研究思路和研究方法。第二章,本研究的理论基础。界定了“制度与机制”、“交易费用”等几个概念,对新制度经济学的制度变迁理论、互惠制度理论主要思想进行了简单阐述,在此基础上提出这些理论适用于本研究的主要观点。第三章,深港合作关系的形成与发展。阐述了深港合作模式的演化、体制机制创新的成果以及深港合作关系的特点。第四章,全球化趋势与深港合作。从经济全球化、区域经济一体化和当前城市发展趋势的角度,阐释了进一步深化深港合作关系的意义。第五章,深港合作面临的制度性障碍。对深港合作面临的制度性障碍进行深入分析,制度性障碍主要包括意识形态冲突、行政体制差异以及合作机制不完善,阐释了创新合作机制的必要性,强调创新时机和条件已经成熟。第六章,提出深港构建互惠型合作机制的设想,一并提出了实施策略。最后一章是结束语。本文运用新制度经济学理论对深港合作体制机制进行了分析,指出了阻碍深港合作向更深入发展的制度性问题,并提出了深港建立互惠型合作机制的方略,这对于丰富深港合作研究具有创新意义。但是,由于新制度经济学的研究涉及面广,而现有的资料有限,加上深港合作本身的问题复杂,在研究中难免有偏颇或欠缺的地方。