目的:探索双相障碍抑郁相患者肠道菌群结构和代谢通路方面的差异。方法:本研究纳入深圳市康宁医院门诊及住院部24名双相情感障碍目前为重性抑郁发作患者（双相障碍抑郁组）,来自周边社区的27名健康志愿者（健康对照组）,所有患者由精神科医师进行临床资料采集,使用汉密尔顿抑郁量表（HAMD）来评估患者抑郁的严重程度,汉密尔顿焦虑量表（HAMA）、心境障碍问卷（MDQ）、轻躁狂自评量表（HCL33）评估焦虑及躁狂严重程度。并于入组初留取受试对象的粪便样本,并对粪便样本提取DNA,进行宏基因组测序分析,比较双相障碍抑郁组和健康对照组在肠道菌群多样性、菌群结构及代谢通路上的差异性;并将上述结果与临床参数进行相关性分析。结果:1.双相障碍抑郁组患者肠道菌群Alpha-多样性在Shannon水平显著高于HCs;在Fisher水平上显著低于健康对照组。然而在Simpson、Chao1和ACE显著性无统计学差异。Beta-多样性相比存在显著差异。其中Alpha-多样性的Simpson指数、Shannon指数与发病次数呈负相关。2.与健康对照组相比,双相障碍抑郁组患者在门水平,厚壁菌门、放线菌门、螺旋体门、梭杆菌门及互养菌门的菌群丰度显著增多,而拟杆菌门的菌群丰度显著减少;在科水平,毛螺菌科、双歧杆菌科、梭菌科的菌群丰度显著增多,而拟杆菌科的菌群丰度显著减少;在属水平,双歧杆菌属、Lachnoclostridium、大肠杆菌属、梭菌属及巨球形菌属、链球菌属的菌群丰度显著增多,而拟杆菌属、克雷伯杆菌属的菌群丰度显著减少。且双相障碍抑郁组患者肠道菌群中放线菌门、青春双歧杆菌的相对丰度与HCL33总分呈负相关,消化链球菌科、艰难梭菌的相对丰度与HAMD总分呈负相关。3.与健康对照组相比,双相障碍抑郁组患者在KEGG功能分析中发现15组具有显著性差异的KOs。结论:双相障碍抑郁相患者在肠道菌群多样性和结构上发生显著差异;在代谢通路分析中发现有显著差异的KOs。并为进一步探究肠道菌群在双相障碍中的作用机理及双相障碍特异性生物标记物提供思路。