高技术产业作为我国经济发展的支柱性产业，其产业创新系统效率的高低直接关系到我国的国家创新系统效率以及我国的综合国力和综合竞争力。高技术产业的发展和高技术产业创新系统效率的高低日益受到各个国家的重视。本文的目的旨在对我国高技术产业创新系统的效率进行测度，并针对存在的问题提出政策建议。本文在综述前人研究成果的基础上，首先对相关概念进行了界定，对我国高技术产业的发展现状和投入产出水平进行概括性描述，之后对我国高技术产业创新系统进行分析，结合本文对高技术产业的定义构建了我国高技术产业创新系统效率评价指标，分别选取人力投入和资金投入为输入变量，选取科技产业和效益产出为输出变量，运用DEA（数据包络分析）模型，并结合malmquist指数对我国高技术产业创新系统进行分行业和分地区的静态的和动态的效率评价。研究结果显示,我国高技术产业近年来发展很快，在取得巨大成绩的同时，也存在着不少的问题。分行业静态来看，各个行业创新系统创新效率差别较大。电子通信及设备制造业、医疗设备及仪器仪表制造业和计算机及办公设备制造业创新系统的创新效率DEA相对有效；航空航天器制造业和医药制造业创新系统的创新效率相对较低。分行业动态来看，各个行业创新系统创新效率进步速度不一，医药制造业创新系统和航空航天器制造业创新系统效率较低。分地区静态来看，各个地区创新系统的创新效率差别较大，北京、天津和安徽三地创新系统的创新效率为DEA相对有效，其它地区为非DEA有效。分地区动态来看，大部分地区在过去十几年中都得到了快速的发展，只有山西省高技术产业创新系统的全要素生产率变化是小于1的，即创新效率出现了倒退。高技术产业创新系统发展的不均衡，提醒我们务必重视现在存在的问题，对于没有处于效率前沿面的行业，我们要根据其规模报酬的特点，调整投入和结构。对于高科技创新系统效率整体偏低的地区，我们要适当加大投入，给与适当的政策优惠。本文最后从技术、人才、资金和机制四个方面提出了相关的政策建议。