基因在转录前首先需要DNA的裸露。大鼠肝再生涉及许多基因的转录,了解DNA裸露位点与大鼠肝再生中基因转录的相关性非常必要。为此,本文对大鼠肝再生中DNA裸露与基因转录的相关性作初步探索。本文在研究基因组调控序列的常用方法染色质免疫沉淀-高通量测序基础上,建立以下技术路线：分离大鼠肝再生中的再生肝的肝细胞,用福尔马林固定肝细胞的染色质,超声将DNA打断为数百bp的小片段,酚氯仿抽提和分离裸露的和非裸露的DNA片段,收集水相中裸露的DNA片段,高通量测序裸露DNA片段等,获得裸露DNA序列资料。同时,用Rat Genome2302.0基因芯片检测相应大鼠再生肝的基因表达变化。最后,将大鼠肝再生中裸露DNA的测序结果和基因表达变化结果进行比较,分析两者的相关性。裸露DNA测序分析结果表明,一个肝细胞中的平均裸露DNA丰度在大鼠肝再生中发生明显变化,且裸露DNA涉及了大鼠基因组的结构基因区和非结构基因区两部分。其中,结构基因区的裸露DNA涉及了大鼠基因组的16912个基因,在Ratio大于等于3或小于等于1/3为有效的原则下,有1701个基因在染色质结构上产生了有意义的DNA裸露变化,它们在大鼠肝再生中参与的主要的生理活动为应激反应、信号传导、细胞通讯、细胞发育、核酸代谢、器官发育、蛋白代谢、细胞分化和细胞增殖。基因表达谱芯片检测结果表明,在大鼠肝再生中,共检测13920个基因发生了表达。在Ratio大于等于3或小于等于1/3为有效的原则下,共有4654个基因在其中的至少一个时间点发生了有意义的表达变化。在大鼠肝再生的不同阶段,发生有意义表达变化的基因参与的的主要生理活动基本相同,但稍有差别。比较DNA裸露变化与基因表达变化的相关性表明,结构基因区的DNA裸露变化与基因表达变化相关性较小,但在同一肝再生恢复时间点,发生有意义DNA裸露变化的基因和发生有意义表达变化的基因参与的主要生理活动一致。结论：大鼠肝再生中,基因转录有受DNA裸露调节的因素。