在2012年中央提出“创新驱动发展战略”之后，我国总体创新能力有所提升，提高创新能力已经成为推动我国经济发展的关键所在。在我国，创新能力的提升离不开金融行业的发展，合理的金融结构能够为区域创新提供有效的融资支持。但是，目前我国创新发展速度较慢，不同地区的区域创新能力差距较大，很重要的原因就是区域内金融结构不够完善，对区域创新能力没有充分发挥促进作用。因此，在目前金融结构不完善、区域创新能力提升缓慢的情况下，研究金融结构对区域创新能力的影响对提升区域创新能力具有重要意义。　　本文以金融结构理论和区域创新能力理论为基础，首先从金融结构对区域创新能力的影响要素、影响路径、影响过程分析了金融结构对区域创新能力的影响机理;其次，构建了金融结构对区域创新能力影响的测度模型，选取东部地区10个省市作为实证研究的对象，用改进的知识生产函数、选择适合的面板模型实证测度了东部地区金融结构对创新投入能力、创新产出能力和创新环境支撑能力的影响，并对实证结果进行分析;最后，从金融结构层面和政府层面提出了优化金融结构提升区域创新能力的对策建议。