笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(PERCIFORMES)笛鲷科(Lutjanidae)，大多为暖水性近底层肉食性鱼类，我国主要产于南海和东海南部，是南海重要的经济鱼类。近年来发现由于过度捕捞等外界因素，笛鲷有个体变小，数量减少的趋势，甚至有些物种尚未采集到。目前，对笛鲷属鱼类分子方面的研究已有很多，但是对AFLP这种分子标记研究的报道还太少，为确定其种质遗传特性，以确保资源的可持续利用，本试验以勒氏笛鲷(L.russellii)、紫红笛鲷(L.argentimaculatus)、红鳍笛鲷(L.erythropterus)、千年笛鲷(L.sebae)为研究对象，从湛江近海进行采样，采用EcoR I/Mse I双酶切组合，对4种笛鲷进行AFLP标记的开发和筛选，并对其进行遗传多样性分析，为揭示笛鲷属鱼类种质资源的情况、制定种质标准等奠定了基础。通过实验，主要研究结果如下： 1.从设计的40对引物中筛选，其中勒氏笛鲷筛选出24对，获得位点1431个，多态位点比例为22.85％；紫红笛鲷筛选引物20对，获得位点1370个，多态位点比例为17.08％；红鳍笛鲷筛选引物22对，获得位点1403个，多态位点比例为17.18％；千年笛鲷筛选引物22对，获得位点1349个，多态位点比例为12.90％。Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个品种之间平均遗传距离，勒氏笛鲷为0.1035，紫红笛鲷为0.0719；红鳍笛鲷为0.0805；千年笛鲷为0.0572，数据显示勒氏笛鲷种群内30个个体之间平均遗传距离最大，种内分化程度最高，红鳍笛鲷和紫红笛鲷次之，千年笛鲷个体间遗传距离最小。 2.选取两对引物对四种笛鲷群体间遗传多样性进行分析，获得总位点140个，多态位点104个，包括特异性带，勒氏笛鲷1条，紫红笛鲷4条，红鳍笛鲷4条，多态位点占总位点数比例为74.29％。四种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773～0.6650，明显高于各笛鲷种群内遗传距离，其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远，为0.6650，勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近，为0.3773。 3.探讨了AFLP银染技术的影响因素，优化了笛鲷属鱼类AFLP反应体系，采用银染检测技术获得了良好的扩增效果，得到的AFLP指纹图谱稳定清晰，结果表明AFLP分子标记适用于笛鲷属种群间和种群内遗传多样性分析。