猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种高度接触性传染病。在临床上主要表现为母猪的流产、产死胎、产木乃伊胎和弱仔等繁殖障碍以及仔猪的呼吸系统疾病，具有较高的死亡率。2006年，高致病性PRRS在我国爆发，其病原是PRRS病毒的变异株（HP-PRRSV），临床特征为高发病率，高死亡率及传播迅速。目前该病已成为威胁我国养殖业的主要疫病之一，给养猪户带来严重危害并造成了巨大的经济损失。　　 为了解浙江省PRRS病毒的变化动态。本实验建立了PRRSV NSP2基因的RT-PCR检测方法，用于鉴别临床高致病性PRRSV与经典PRRSV毒株。并对2004～2011年来自浙江省不同地区的942份临床样品进行了检测，结果显示PRRSV在我省临床病例中的检出率达52.9％。　　 本研究选取2004～2009年RT-PCR鉴定为NSP2基因阳性的病料，进行ORF5基因的扩增及序列测定，结果获得61份阳性病料的ORF5基因，分别取3个阳性转化子进行序列测定，共得到可比序列117个。与国内外参考株进行比较结果表明:所有分离毒株与美洲型毒株VR2332亲缘关系较近，均为美洲型毒株。所有分离株之间推导氨基酸的同源性为79.6％～100.0％，与美洲株VR2332的同源性为77.1％～88.6％，与经典株CH-1a的同源性为81.6％～93.5％。根据进化树分析，所得分离株可分为3个亚群，Ⅰ类亚群为2006年以后的野毒株，Ⅱ类亚群为2004～2005年的野毒株，Ⅲ类亚群与疫苗株在同一分支上，可能是疫苗株演变而来。推导为氨基酸后比对结果显示变异主要发生在N-端前50个氨基酸的信号肽区域，其中中和表位39位点处均由L39-I39，疫苗株与野毒株的区分位点137位点处均由A137-S137，与毒力相关的位点13位点和151位点处，Ⅰ类和Ⅱ类亚群均为R13和R151。蛋白特性分析表明潜在糖基化位点为3～5个，糖基化位点的增多可能与病毒毒力增强相关。　　 本研究结果还显示自然感染猪体内同时存在不同的PRRSV变异株，不仅不同地区不同猪场之间存在着这种差异，而在同一猪体内也存在不同的PRRSV变异株，在氨基酸水平上存在21％和7％的差别。