Panel靶向测序在神经纤维瘤病的分子诊断学应用

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研究背景神经纤维瘤病是一种常染色体显性遗传病,主要特征是神经系统,骨骼和皮肤的发育异常。它主要分为三种临床类型:I型神经纤维瘤病,II型神经纤维瘤病和神经鞘瘤病,分别由NF1、NF2和SMARCB1基因突变引起,临床上以I型神经纤维瘤病最为常见(96%),其次是II型神经纤维瘤病(3%)和神经鞘瘤病,它们极大地影响患者的身心健康。但各型神经纤维瘤病表现复杂,仅依靠临床表现和常规实验室检查很难对其进行早期和而准确的诊断。二代测序技术是一种高通量的测序方法,可以对外显子组、转录组和基因组进行快速测序,特别是panel靶向测序,得到了快速的进步,能同时分析多种基因,提高突变检测率,为临床上迅速诊断神经纤维瘤病提供良好的辅助诊断工具。研究目的应用panel靶向测序联合sanger测序的方法明确两例在临床上疑诊为神经纤维瘤病患者的诊断,明确致病基因,为神经纤维瘤病在临床的诊断和分型提供可靠的辅助诊断工具。研究方法收集两名患者及其亲属的临床资料和样本。患者1以皮肤肿瘤为主要表现;组织病理显示大而孤立的肿瘤结节,梭形细胞呈波浪样排列,免疫组织化学结果显示CD34呈弥漫强阳性分布,S100呈散在弱阳性分布。患者2以皮肤斑块和右眼弱视为主要表现,头颅MRI提示颅内神经源性肿瘤,组织病理显示多个大小不一的肿瘤结节,梭形细胞呈旋涡样排列,免疫组织化学结果显示CD34呈散在弱阳性分布,S100呈弥漫强阳性分布。收集的样本包括外周血、毛发、口腔黏膜和皮肤肿瘤。提取和纯化样本DNA;对DNA进行panel靶向测序(Illumina Hiseq X Ten测序平台),使用Illumina CASAVA1.8.2软件对数据分析,得到突变位点;应用sanger测序(ABI3730XL平台)验证突变位点;应用超高深度测序(Illumina Hiseq X Ten测序平台)对各组织基因突变的镶嵌率进行分析。研究结果患者1以皮肤神经纤维瘤为主要表现,组织病理及免疫组织化学结果符合I型神经纤维瘤病的改变。通过panel靶向测序,未在其外周血中发现突变位点,但患者临床表现明显,对其皮肤神经纤维瘤再次进行panel靶向测序,发现杂合突变的1型神经纤维瘤病基因。该突变位于I型神经纤维瘤病基因的第5号外显子,c.495498del:p.Thr165fs,经sanger测序未在外周血、口腔黏膜和毛发中发现此突变,尽管该突变在学界已被多次报道,但我们首次报道了该突变的体细胞镶嵌形式;对上述样本进行超高深度测序发现,在患者1的皮肤神经纤维瘤中突变率最高,患者1应诊断为镶嵌I型神经纤维瘤病。患者2以皮肤斑块为主要表现,视力检查提示右眼弱视,头颅MRI提示颅内神经源性肿瘤。组织病理及免疫组织化学结果符合II型神经纤维瘤病改变。通过panel靶向测序联合sanger测序的方法在其外周血中发现杂合突变的II型神经纤维瘤病基因,该突变位于II型神经纤维瘤病基因的第1号外显子,c.3639del:p.Ser12fs,该突变属于全身突变,既往未在中国人群中被报道,患者应诊断为II型神经纤维瘤病。研究结论本研究通过使用panel靶向测序联合sanger测序,以及超高深度的测序的方法,明确两例在临床上疑诊为神经纤维瘤病患者的诊断和分型,丰富了神经纤维瘤病基因突变的表现形式。神经纤维瘤病的临床表现复杂,panel靶向测序联合sanger测序技术的应用极大地提高了基因突变位点的检出率,为疑难基因病的诊断提供了一种可靠的辅助检测方法。
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