自噬是一种非常保守的真核细胞内降解途径。在营养缺失或其他应激条件(如高温、缺氧等)下,细胞通过形成双层膜结构的自噬小体,包裹细胞质、长寿命蛋白或损伤的细胞器等,运送到酵母液泡(或哺乳动物溶酶体)中降解,降解产生的营养物质重新运送回细胞质中,被重新利用,这对维持细胞存活是十分重要的。然而但是当细胞自噬水平过高时,会破坏细胞的稳态,造成细胞凋亡。因此,详细的了解自噬发生机制,可以为疾病的诊断和治疗提供强有力的理论依据。通过对已知激酶和它们的调控因子进行筛选,找到了Ccl1-Kin28激酶复合体(哺乳动物中的同源物是Cyclin H-Cdk7),主要参与RNA聚合酶II调控的转录过程。该复合体中的亚基失活后,会完全阻断自噬的发生,并对Cvt途径也有一定的影响。Ccl1是细胞周期蛋白,它通过调控Kin28的激酶活性促进自噬的发生。与此同时,Ccl1自身还受蛋白酶体途径的调控,随着饥饿时间的延长,它会逐渐被运送到蛋白酶体中降解,从而降低了自噬活性。当过表达Ccl1抑制其降解后,自噬活性随之升高。也就是说细胞体内存在着反馈调节机制,Ccl1将细胞中的两种重要降解体系联系起来,通过蛋白酶体调节Ccl1的蛋白含量使得自噬活性处于最适状态。在对调控泛素化过程的因子进行筛选时,找到了条件Ccl1降解的E1和E2酶分别是Uba1和Ubc3/Cdc34。此外,通过荧光显微镜对Atg蛋白进行了系统的分析,发现Ccl1参与调控自噬的早期步骤,主要影响Atg1复合体的组装。在去除Ccl1或Kin28后,Atg29和Atg31的蛋白含量显著下降。综上所述,Atg29和Atg31是Ccl1-Kin28调控自噬的重要效应因子。