本文以委托代理理论为基础，以沪深300指数股票为样本，对我国上市公司的资本结构、股权结构和绩效之间的关系进行了研究。通过对比使用了方向性距离函数度量企业绩效，利用分位数回归检验不同程度下资本结构和绩效之间的相互影响关系，并将二者置于一个联立方程之下使用三阶段最小二乘法作了联动关系的检验，贯穿整个分析过程，本文特别关注了股权结构在其中的作用。实证结果我国企业长期负债率较低，企业融资不倾向于债务融资，而是倾向于股权融资;资本结构与绩效显著负相关，表明债务治理未能发挥其有效的治理作用。绩效与资本结构显著负相关，特许权价值假说比效率风险假说更适用于解释我国上市公司资本结构现实。股权集中度高和国有股份占比高的企业，具有较低的绩效与较低的财务杠杆。本文认为对于资本结构理论应该结合经济环境及资本市场发展情况来考虑。我国应该进一步深化股权结构改革，发展债券市场，完善相应法律法规，加强企业内部治理及研发力度来提升企业绩效。