随着基因组学研究的深入,全基因组分子标记检测技术已经成为作物学和育种中常用的一种技术手段。基于PCR的分子标记方法和全基因组基因分型技术(Genotyping By Sequencing,GBS)分别为目的基因的筛选(前景筛选)和遗传背景的筛选(背景筛选)提供了成熟的工具。然而,在科研和育种上,仍然需要开发价格低廉、能够同时对材料进行背景和前景筛选的全基因组分子标记技术。针对这个问题,我们结合已有的转座子显示技术,结合高通量测序技术开发了出一种新的全基因组分子标记检测方法TD-seq(Transposon display by sequencing)。TD-seq技术利用转座子在基因组散布分布的特点,实现对全基因组的检测。同时,TD-seq利用转座子在基因组上的拷贝数高的特点,将转座子显示得到的PCR产物全部进行高通量测序,实现用一对引物检测多达上千个分子标记位点的效果。另外,鉴于高通量测序的灵敏度高,可以检测因扩增效率低而导致的低含量PCR产物。因此,TD-seq技术利用高通量测序的优势,将传统凝胶电泳检测PCR产物有无的方法转换为利用高通量测序检测PCR产物中的SNP/indel。TD-seq技术利用一条位于转座子上的TD-primer引物,实现对背景标记的检测(背景筛选),同时可以根据需要加入目标基因的特异引物实现对目标基因的检测(前景筛选)。目标基因的特异引物与TDprimer引物同时进行扩增,只需要一步转座酶打断反应和两次PCR扩增,即可达到前景和背景标记同时检测的效果,方案操作流程非常简单。本论文概述了我们所研发的TD-seq方案的检测方法及其开发过程,并应用TD-seq方法对回交育种后代的目标基因和遗传背景进行了检测,显示了TD-seq方法在回交育种和近等基因系构建等研究中的重要应用价值。