【摘 要】
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微生物的生存压力主要来源于环境或竞争者的相互作用,微生物的表型可塑性使微生物表达不同的表型以应对生存压力。相比于环境,竞争者的相互作用对微生物表型可塑性发展的研究
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微生物的生存压力主要来源于环境或竞争者的相互作用,微生物的表型可塑性使微生物表达不同的表型以应对生存压力。相比于环境,竞争者的相互作用对微生物表型可塑性发展的研究目前鲜有报道。本研究结合了进化培养、实时荧光定量PCR技术、二代测序技术、双变量全基因组关联分析法(GWAS)等多种方法,对金黄色葡萄球菌的单独生长和与大肠杆菌的竞争性生长中的可塑性进行研究,在这方面做初步探索。本研究中将不同基因型的金黄色葡萄球菌在单独培养环境下和与同一大肠杆菌竞争培养的环境下进行进化培养,以创造竞争条件。通过荧光定量PCR法每隔24小时对细菌的生长丰度进行定量,并绘制在两组条件下细菌的生长曲线。同时以两种培养环境下金黄色葡萄球菌在不同取样时间的生长丰度数据为基础,结合了全基因组重测序测定出的SNPs,通过双变量GWAS筛选得到与金黄色葡萄球菌生长表型显著相关的SNPs。在这些显著SNPs所位于的基因中,gdp P、flr、yyc I、com A、gmp、Cisc R等基因及基因表达的蛋白质在功能上与金黄色葡萄球菌的生长表型直接相关,其表达量的改变体现了表型可塑性的作用。同时,一些与细菌生长相关但被认为表达假定蛋白的显著SNPs,同样被认为可能影响金黄色葡萄球菌的竞争性生长。此外,本研究比较了显著SNPs两种生长环境下对应的生长丰度,发现显著SNPs基因型的改变对金黄色葡萄球菌在竞争环境中的生长无显著影响,突显了表型可塑性在其生长过程中的意义。本研究证明了金黄色葡萄球菌在竞争性生长中能表现出表型可塑性,并且金黄色葡萄球菌的表型可塑性可帮助其维持其在竞争作用下的稳定。这项研究推进了全基因组细菌生长可塑性的研究进展,并证明了双变量GWAS在细菌表型可塑性研究中的潜力。
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