滇牡丹(Paeonia delavayi Franch.)为芍药科(Paeoniaceae)芍药属(Paeonia)牡丹组(Sect. Moutan DC.)灌木或亚灌木,为中国西南地区的特有种。滇牡丹具丰富的花色变异,是一种极具观赏价值和开发潜力的野生花卉资源。本文主要从形态性状、EST-SSR分子标记及孢粉学等方面对滇牡丹10个花色类群的遗传背景进行了研究,以期为制定正确的选育种策略和系统进化研究提供理论依据。主要研究结果如下:(1)滇牡丹花色类群形态变异丰富。未发现所有花部性状均为同色的花色类群;从花色与其它质量性状的连锁看,绿色类群较为特殊,其均具绿色柱头,且是唯一存在直立花朵、绿色花丝及绿色花药的类群;10个花色类群13个数量性状的平均变异系数范围为32.80%~50.56%,说明类群内个体间的性状稳定性差异较大;10个花色类群平均表型方差分化系数为42.25%,表型性状频率分化系数为12.58%,表明滇牡丹10个花色类群表型变异主要来源于类群内,类群间的表型变异也较为突出。(2)滇牡丹花色类群间花粉形态存在差异。在花粉形状方面,DS1类群和ZH2类群较特别,多呈近球形,部分花粉具沟膜有瘤状突起。花粉表面纹饰不规则,LT类群多为穴状纹饰,DS1和DS2则多为穴网状纹饰,其余四类群多为网状纹饰,这一结果与聚类结果一致。(3)滇牡丹花色类群丰富的表型变异具有相应的分子遗传基础。本研究利用10对EST-SSR引物进行分析,结果表明,类群多态位点为50.42%,每个SSR位点的等位基因数为2~4,均值2.5;遗传多样性(He)为0.2638,固定指数(Fit)为0.7065,(Fis)为0.2990;类群间基因流(Nm)为1.0432,基因分化水平(Gst)为0.4278,分子方差分析39.19%变异来源于类群间而60.81%变异则来源于类群内。综上推知:滇牡丹花色类群遗传多样性为中等水平,变异主要来自于类群内。(4)滇牡丹花色类群更宜作为多目标育种亲本。从表型、花粉形态及分子多层次综合分析,滇牡丹花色类群间虽有较高的遗传分化,但同一类群内个体间遗传多态性也较高。因此,花色类群更宜作为多目标育种亲本,但作为确定目标性状的育种亲本仍需进一步提纯。