自然界许多生命现象都同蛋白质有关。生命体的新陈代谢就是生物体内各种分子之间相互作用在时间和空间上的总和。作为生物体新陈代谢功能的行使者,蛋白质的研究对于生命现象本质的理解,发挥着尤其重要的作用。物质结构决定性质,性质决定功能。蛋白质的功能的行使,也是直接决定于蛋白质在长期的自然选择过程中所形成的特定三维结构。任何对蛋白质功能的思考与讨论都需要围绕对蛋白质结构的理解展开。随着人类基因组计划的完成,人类需要的是对基因功能更加详细的注释。因而,结构基因组学应运而生。另外,随着计算机技术的飞速发展和蛋白质结构测定技术的日益提高,越来越多的新的蛋白质结构被解析出来。这些结构数据详细的记录了生物体中各种蛋白质本身所具有的各种性质和功能信息,通过对蛋白质结构数据的分析,对基因进行更加详细的关于功能和性质的注释,在后基因组时代就显得更加迫切。长期的自然选择,使得蛋白质具有尤其精巧的三维结构。蛋白质由于其所具有的迷人的三维结构和至关重要的功能,正吸引着世界各地的科学工作者们以极大的热情投入到对其结构和功能的研究中来。在过去的半个多世纪中,人们对蛋白质结构和功能的认识方面,取得了长足的进步,但由于蛋白质结构本身所具有的异常的复杂性,就目前而言,我们对其规律的认识仍然充满了未知。对于蛋白质而言,一方面,蛋白质主链的结构决定了蛋白质的整体空间形状,另一方面,蛋白质的某些氨基酸残基依赖主链的构象巧妙的组合在一起,形成了对于蛋白质功能而言具有尤为重要的活性位点。基于以上两点信息,本研究主要有以下两部分构成：①从蛋白质活性位点氨基酸的空间排列出发,整合氨基酸的物理化学性质和空间几何排列信息,开发出蛋白质活性位点相似性计算方法。②采用蒙特卡罗算法在连续的二面角空间内对蛋白质的主链进行构象变换,来模拟蛋白质折叠过程,来对蛋白质的折叠过程进行研究。通过本项研究工作,一方面,我们开发出了一种全新的蛋白质活性位点比较算法,以帮助蛋白质研究工作者更方便的发现生物体中各种蛋白质分子之间的相互关系。另一方面,我们采用计算生物学的方法,对蛋白质的折叠过程提出了自己特有的认识,希望能够为今后科学工作者们对蛋白质折叠的研究工作提供具有一定启发性的思想。