我国民办高等教育在改革开放后的三十年发展过程中经历了大起大落,历程艰辛,步伐缓慢。一个很重要的原因在于在民办高等教育的改革发展过程中教育制度缺失问题始终伴随左右。教育制度供给与需求之间时滞的延续,教育制度供给不及时、不完善等制度缺失问题,造成了我国民办高校办学过程中的办学行为混乱,交易费用不断攀升,甚至引起教育违规、违法等现象。同时,政府及政府官员利用公共权力在缺失的制度空间中践踏民办高校利益以谋求自身利益的现象大量存在,出现摊派、搭便车、设租、寻租及腐败等行为失范现象,严重影响和阻碍了我国民办高等教育事业的健康发展。本文从新制度经济学的视角入手,对我国民办高等教育改革发展过程中的制度缺失问题进行研究。首先分析了我国民办高等教育发展中出现的问题及其产生的原因,得出结论:在民办高等教育发展过程中所出现的违规招生问题、办学失败问题等,都是制度缺失的具体表现。随后从民办高等教育发展的社会制度环境、政府行为、民办高等教育的自身因素及教育需求者四个方面,对制度缺失问题产生的原因进行进一步剖析,得出结论:在社会转型时期民办高等教育所处的制度环境还未尽成熟,制度缺失现象一定程度上是这种社会制度环境在民办高等教育发展上的反映和痕迹;有限的政府很难在民办高等教育发展中确定行为界限,强制性教育制度变迁在民办高等教育发展过程中不可或缺但政府在这方面却作为不够,相反,对于民办高等教育发展中的一些具体办学问题,政府行为却屡越边限;民办高等教育在很长一段时间内的主要特征仍然体现为诱致性制度变迁,民办高等教育乃至民办高等教育具体的组织机构应该力图降低制度变迁成本提高制度创新的动力;对于教育需求者来讲,盲目和非理性的教育需求在一定程度放大了制度缺失对于民办高等教育发展的影响。最后,针对我国民办高等教育制度变迁中的制度缺失问题,提出建议:政府在民办高等教育发展过程中的角色要进行合理定位;民办高等教育组织机构要提高制度的创新意识和能力,教育需求者应该树立理性的高等教育消费观等几个方面来试图减少制度缺失对于民办高等教育发展的影响。