细胞质膜介导细胞与外界环境以及细胞与细胞之间的物质交换、能量转换和信号传递。质膜蛋白质在药物研究中起着相当重要的作用。肝脏是人体中最重要的器官之一，在代谢中扮演着重要的角色。因此肝脏质膜蛋白质组的研究具有重要意义。研究一采用蔗糖密度梯度离心法纯化小鼠肝脏质膜，优化了二维凝胶电泳（2DE）的裂解液，发现由4％CHAPS和1％NP-40等组成的裂解液能提取更多的质膜蛋白质。采用几种方法（氯仿和甲醇抽提，Na₂CO₃处理，Triton X-114处理）富集低丰度、强疏水性的整合膜蛋白质。结果表明氯仿和甲醇抽提、碳酸钠处理能富集更多的整合质膜蛋白质，其中氯仿和甲醇处理又优于碳酸钠处理。经1DE和2DE分离结合质谱鉴定得到了175个非冗余蛋白质，其中四个可能与肌肉营养不良等疾病有关。低丰度、强疏水性膜蛋白质的鉴定仍然是质膜蛋白质组研究的主要挑战，研究二采用两次密度梯度离心法纯化大鼠肝脏质膜，电镜和免疫印迹显示，与一次超离相比，质膜富集了6倍。收集质膜采用Na₂CO₃处理，氯仿与甲醇抽提，以及Triton X-100处理后进行超离以分离出微区的三个组分。共鉴定了457个非冗余蛋白质，46％来自微区提取策略，23％具有一个或一个以上的跨膜区（TM），53个蛋白质与细胞通信有关。研究结果表明：Na₂CO₃处理膜有利于碱性蛋白质研究，氯仿与甲醇的使用有利于多跨膜区蛋白质研究，微区提取策略有利于低丰度蛋白质研究。细胞质膜的纯度是目前质膜蛋白质组研究面临的另一个主要的挑战。研究三摸索了抗体磁珠免疫亲和分离纯化C57小鼠肝脏质膜的方法，与密度梯度离心法相比，质膜富集了3倍左右，线粒体减少了约2倍。同时比较了四种亲和提取方式，优化了样品、磁珠以及抗体之间量的比例。研究鉴定的质膜或质膜相关蛋白质的比例明显高于使用其它方法得到的质膜蛋白质的比例。