自1979年增值税开始试点开始,增值税的发票事项一直是我国税收管理的重点。随着增值税发票管理技术的不断革新和交易生活的不断演变,善意取得虚开增值税专用发票的类型应运而生。国家出台了187号文对善意取得虚开增值税专用发票进行了界定,一定程度上一定程度上解决了受票方经济风险过大的问题。在善意取得虚开增值税专用发票的认定和税务处理等方面相关问题依然存在较多问题,需要解决。本文结合三流一致、善意取得虚开增值税专用发票认定的条件、课税政策为理论依据,对善意取得虚开增值税专用发票展开研究。本文结合金湖公司虚开增值税专用发票税前列支案例分析了善意取得虚开增值税专用发票税收征管方面存在的一些问题,分为三方面的问题。第一方面,在认定方面,存在存在认定善意取得虚开增值税专用发票困难、税务机关“没有证据表明”的确认难度较大、受票企业面临“过度惩罚”的涉税风险较大等问题;而在税务处理等方面,善意取得虚开增值税专用发票问题存在对无法补开换开发票的情形规定较笼统、企业所得税税前扣除政策中必备资料表述模糊等问题。同时,善意取得虚开增值税专用发票认定过于依赖三流一致也是一个需要解决的大问题。基于对善意取得虚开增值税专用发票问题的研究,针对性的提出六项建议。在认定方面,提出如下建议:一是跟进货物交易的后续追踪,提高交易真实的可靠性;二是减少取证的错判性和复杂性,推进第四条的可操作性;三是审慎认定非善意取得,降低受票方的税务风险性。在税务处理上提出如下建议:一是不得补开换开资料的问题解决办法;二是企业所得税税前扣除政策中必备资料事先完备,同时提出推行使用以构成偷税事实为依据的稽查标准的建议。