由于边疆民族地区在国家的经济、社会、文化、民生以及国家安全中有着特殊重要地位,边疆民族地区政府的治理能力事关国家的团结、稳定、发展以及各项国家战略的推进,因此其是推进国家治理体系和治理能力现代化过程中的重要环节,是全面深化改革的总目标、社会主义现代化和中华民族伟大复兴的重要组成部分,因此研究该主题具有极强的理论与现实意义。从概念上讲,边疆民族地区政府治理能力现代化,是边疆民族地区政府治理该地区,解决和消除地区内的发展差距,推进区域内经济建设,确保持续、快速、稳定和全面发展,结合地方社会发展特征,有效界定并明晰经济调节、市场监管、社会管理以及公共服务职能的,充分落实并发挥行政职能,促进资源的优化配置,实现政府治理目标的所有能力和水平的总和。从特殊性看,边疆民族地区具有生态环境的劣势与资源丰富的优势并存、人文环境的劣势与优势并存、经济落后的劣势与区位优势同在、府际关系的复杂化与民族关系的复杂化并存的独特治理环境,因此,党和政府所提供的政治资源、财政资源、人力资源和技术资源等,必须符合边疆民族地区的特殊性质和发展状况,这就要求边疆民族地区的政府治理必须实现以下基本目标:政治层面上,要加强对于边疆民族地区的政治领导,努力促进各族同胞的民族认同感和国家认同感协调发展;在经济层面上,要在共同繁荣共同富裕的目标理念下,引领边疆民族地区的经济社会又好又快的持续发展;在社会发展层面上,维护社会稳定和民族团结,使边疆民族地区形成并保持一种理想的、良好的秩序。纵观新中国成立以来边疆民族地区的治理历程,大致经历了三个阶段:以管制型为主导的政府治理、经济建设为主导的政府治理、以服务型政府为主导的政府治理。经过长时间的探索与积累,边疆民族地区的治理体系初步完备,治理能力水平大幅提升,具体体现在:民族区域自治制度不断完善、社会团体管理体系日趋完善、公共服务能力显著提升、政府绩效水准明显提高、民族交往交流交融渐趋加深、国家认同逐渐稳固、民族团结和社会稳定根基日益筑牢。但是随着国情、世情和民情的变化,以及构建新时代中国特色社会主义提出的更高要求,边疆民族地区发展与治理也面临越来越多的挑战,主要有:多民族共处与政治结构动态调适性不足之间的矛盾、区域经济发展滞后性与市场主体发育不足之间的矛盾、民族文化独特性与政府公共服务财力不足之间的矛盾、社会发展多元性与政府整合资源能力不足之间的矛盾、资源禀赋差异性与公共服务供给水准偏低之间的矛盾。为应对上述挑战,在边疆民族地区实现政府治理能力现代化,最重要的前提是必须要坚持党的领导,充分发挥中国无可比拟的政治优势和中国特色社会主义先进的制度优势。在此基础上,应该进一步做到:培育新型治理文化、充分利用传统民族文化、鼓励各族群众参与治理,塑造公共治理思维;统筹和协调政府与市场的关系、政府与社会的关系、中央与地方关系,实现政府职能转变;提高边疆民族地区政府和民众的法治意识、创建良好的民族地区法治环境、协调国家制定法与少数民族民间法的冲突,增强社会主义法治建设;完善民族区域自治制度、健全少数民族自治权、巩固和发展民族关系,推进社会主义民主体系与能力;重构边疆民族地区行政制度架构、完善边疆民族地区政府治理机制、更新边疆民族地区政府治理工具,健全制度与机制安排;重视信息管理水平的建设,加大在科学技术方面的投入,加强政府电子政务建设,提升治理过程的信息化水平。