随着港口功能的不断拓展，港口已成为重要的战略资源，是一个区域能否在国际竞争中占据优势的关键所在。港口不可再生的自然属性、必须分工专业化的经济属性、资金密集型的行业属性以及港口资源整合的巨大效益决定了港口资源整合的必然性。港口资源整合给港口管理部门带来了巨大的影响。为避免行政区划对港口发展造成的阻力，充分发挥港口的经济效益，国家鼓励港口管理机制创新，部分地方政府进行了港口管理机构改革尝试。目前国内港口机构改革没有固定的模式，同时还存在一定的问题。本文首先从港口资源属性和港口资源整合效益入手，证明港口资源整合势在必行，分析了行政区经济桎梏下的港口发展的困境，列举了国家以及港口所在地政府为破解行政区困境做出的相关努力，并以湄洲湾港口管理机构改革为实证研究对象进行了具体的分析论证。湄洲湾港口管理机构改革是福建省政府为福建省港口形成科学规划、合理布局、错位发展的格局的重要一步。此番改革的意愿虽好，但出现在改革中的一些关键问题导致相关港口管理机构改革的进展缓慢。其问题主要有政府合作机制不完善，无法实现泉州、莆田两市合作或由某一市主导的管理模式；地方政府、港口部门、港口工作人员利益的冲突难以协调解决；政务信息公开不足，群众无法了解改革全貌；公民参与度不足，难以吸纳各方意见；改革进程缺乏监督，没有进行责任追究等等方面。笔者就以上问题，尤其是在利益协调和民意听取方面提出了港口管理机构改革的优化策略，即加快体制改革创新以促进政府合作、更新价值观念以平衡各方利益、转变政府职能以服务公民、营造参政文化以提高公民参与度、完善监督机制以保障改革成效，以期相关改革能够落实到位，真正推动当地港口经济发展，实现资源整合的最大效益。